1. 扁桃周围炎或脓疡
这是由于细菌感染，在扁桃腺上缘形成蜂窝组织炎或脓疡，病人往往会有发烧、单侧喉咙疼痛、吞咽困难、白血球数目升高等急性感染的现象，严重的会往深部扩散，演变成深颈部感染，这时候颈部也会出现明显的肿胀与疼痛。治疗一般需要住院，若只是蜂窝组织炎，使用静脉注射抗生素即可，但若有脓疡或深颈部感染时，则必须以针将脓抽掉或切开引流排脓后，再佐以合适的抗生素静脉注射。
2. 急性会厌软骨炎
会厌软骨位于喉部的入口，在我们吞咽时会暂时盖住喉部，让食物很平顺地滑入食道内。当会厌软骨发炎时，会造成喉咙剧烈疼痛，尤其在吞咽时更是痛苦万分，连口水都无法自然吞入食道，若肿胀得更厉害，甚至会造成呼吸道的阻塞而危及生命。急性会厌软骨炎多半来势汹汹，常常才半天的功夫就足以让凶猛的老虎成为病猫，若发生在儿童身上，因为他们的呼吸道比大人还小，更容易有呼吸困难的现象，非常危险。这种病的治疗必须住院施打抗生素，有时甚至要送到加护病房照顾才安全。
3. 恶性肿瘤
这是引起喉咙痛最可怕的疾病之一，对于有抽烟、喝酒、嚼槟榔的人而言，若发生长期的咽喉疼痛一定要特别小心，因为下咽部与口咽部的恶性肿瘤常造成慢性疼痛的症状，这类的疼痛不是吃吃一般消炎镇痛的药物就会好。其诊断必须使用检查咽喉的专用小反射镜，或是软式纤维内视镜仔细观察，再加上切片检查的确认。有时这类的病人由于诊断结果令他们震惊，因而出现无法面对现实的心理障碍，例如有病人会坚持他的疼痛是鱼刺造成，因此到处逛医生，或是去求神问佛，使用各种非正统的疗法，延误了正确治疗的黄金时间，非常令人惋惜。
4. 口腔念珠菌症
念珠菌在我们四周生活环境中就很多，对免疫功能正常的一般人而言，并不会造成感染，但是部分免疫功能较差的人，例如糖尿病、癌症、长期服用类固醇者、老年人、幼儿或艾滋病患，就有可能感染口腔念珠菌。这些病人若是没有正确诊断，常常会多吃许多不必要的抗生素与止痛药。念珠菌感染时会在口腔内形成多处白色班块，一般需要使用抗霉菌药物局部涂抹或是含于口中，几天就可以清除念珠菌的感染。由于这种疾病多半发生在免疫功能较差的病人身上，若是在原本应该免疫功能健全的人身上出现，就必须提高警觉，找出上述可能造成免疫力变差的原因。
5. 心肌缺氧
这是众多咽喉疼痛的原因之中，相当严重但却也容易被医疗人员忽略的的疾病。心肌缺氧时多半以胸痛、胸闷来表现，但是少数病人疼痛的区域会出现在颈部或喉咙，这时就是在考验医师的警觉心够不够了！这样的病人咽喉检查并无异状，详细询问病史多半会发现病人有高血压、糖尿病等容易影响血液循环的疾病，若是再加上喉咙疼痛每次都出现在爬楼梯、走路等运动时，那心肌缺氧的可能性就相当高了。
6. 茎突钙化过长
茎突是一根位于耳朵下方的骨头，它经由一条韧带和颈部的舌骨连接。有些人这一条韧带会钙化变硬，好像喉咙长了“骨刺”一样，对周围的神经血管或软组织造成刺激，因而出现喉咙或颈部疼痛的症状，诊断时可以照X光看看茎突钙化的长度来判断。这种毛病可先考虑口服药物治疗，若药物治疗效果不佳，手术将钙化过长的茎突剪短，多半可以彻底解决扰人的咽喉疼痛。
7. 其它
还有一些毛病会引起轻重不等的咽喉疼痛，例如声带滥用、舌咽神经痛、鹅口疮、肠病毒感染、自体免疫毛病等等，也需要专业医师的诊断与治疗。
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