2006年度中央預算執行和其他財政收支審計發現，南水北調辦、海關總署等33個部門擠佔挪用財政資金和其他專項資金等8.59億元。
審計發現，民航總局、信息產業部等4個部門所屬的5個單位存在未經批准和超標準、超概算建設辦公樓、培訓中心等問題，涉及金額17.39億元。
2005年度審計發現的106起重大違法犯罪案件線索移送司法機關和紀檢監察部門查處後，有94人被逮捕、起訴或判刑，177人受到處分。
中科院、水利部等13個部門所屬的50個單位對外投資管理不嚴，轉制不規範，少計國有資產和權益等，涉及金額22.84億元。
衛生部、國家信息中心等12個部門存在違規收費或未嚴格執行非稅收入管理規定的問題，涉及金額1.85億元。
農業部、國資委等11個部門所屬的16個單位違規收費或未嚴格執行非稅收入管理規定，涉及金額2.49億元。
2006年度中央預算執行和其他財政收支審計發現，供銷總社、新聞出版總署等15個部門截留、少報和轉移資金等3.94億元。
審計發現，發展改革委、文化部等25個部門所屬的92個單位挪用財政資金和其他專項資金等27.54億元。
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