2006年度中央预算执行和其他财政收支审计发现，南水北调办、海关总署等33个部门挤占挪用财政资金和其他专项资金等8.59亿元。
审计发现，民航总局、信息产业部等4个部门所属的5个单位存在未经批准和超标准、超概算建设办公楼、培训中心等问题，涉及金额17.39亿元。
2005年度审计发现的106起重大违法犯罪案件线索移送司法机关和纪检监察部门查处后，有94人被逮捕、起诉或判刑，177人受到处分。
中科院、水利部等13个部门所属的50个单位对外投资管理不严，转制不规范，少计国有资产和权益等，涉及金额22.84亿元。
卫生部、国家信息中心等12个部门存在违规收费或未严格执行非税收入管理规定的问题，涉及金额1.85亿元。
农业部、国资委等11个部门所属的16个单位违规收费或未严格执行非税收入管理规定，涉及金额2.49亿元。
2006年度中央预算执行和其他财政收支审计发现，供销总社、新闻出版总署等15个部门截留、少报和转移资金等3.94亿元。
审计发现，发展改革委、文化部等25个部门所属的92个单位挪用财政资金和其他专项资金等27.54亿元。
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