據江蘇省鄭和研究會理事鄭自海透露，鄭和作為一名宦官，何來子嗣？這曾引起海內外人士的廣泛爭議。江蘇作家朱芳進在《鄭和》一書中虛構了「為鄭和找老婆」的情節，說鄭和老婆名叫妙雲，原是明成祖身邊的侍女，並生有兒子。鄭和後人對此表示強烈不滿。
鄭自海介紹說，在鄭和的故鄉雲南發現的《鄭和家譜》稱：「馬文銘長子立嗣(鄭和本姓馬。馬文銘是他的哥哥，其子被鄭和收為養子)，移居南京三山寺，名曰馬府口。」由此可見，鄭和的後裔是由其養子繁衍下來的。
他表示，鄭和在故鄉雲南的一支後裔，系由鄭恩來的長子所繁衍。其中一部分在清朝末年因不堪官府的壓迫而逃往泰國。當時鄭和第十七代孫鄭松林跟隨馬邦來到泰國北部的清邁省，並娶了當時管理清邁的士司的女兒，從此在當地落地生根。由於年代久遠，泰國後裔已經不會說中文，甚至不知道自己的來歷。現今泰國的一支後裔大約有一二百人；而生活在雲南的一支後裔現在約百餘人。
南京的一支後裔系由鄭恩來的次子所繁衍。鄭和家譜《首序》的後面原有單獨一頁用毛筆正楷書寫的二十個大字「大尚存忠孝，積厚流自寬，藩衍更萬代，家道泰而昌」，這象徵鄭家興旺發達的詩句，也是南京鄭和後裔的排行字輩。因鄭和曾任南京守備，一生定居南京，部分艦隊官兵也隨鄭和居住南京，並逐漸改姓鄭，故在南京牛首山山南村形成了鄭村。當年鄭和還收養了兩名親侄子，一名留在雲南老家，一名跟隨鄭和到南京，其後代也可能作為鄭和的後裔。
經過鄭自強的尋訪，查到南京有五百四十四人，除已死去的一百五十四人和從南京調往外地或在外地出生的一百十人以外，目前南京還有二百四十二人，在蘇州的後裔估計有二百人，在雲南玉溪市紅塔區北城鎮的石狗頭、大營、東營居住著鄭和的後裔。
居住在雲南玉溪、江蘇南京兩地的鄭和後裔，都各有自己的家譜。鄭自強說，碑刻是瞭解歷史，尋覓祖先足跡的瑰寶，原在玉溪龍門村(今大營)旁的《建龍馬橋募化引》碑，碑文中的鄭溥為鄭和後裔九世孫。《媲美後先》碑現存於玉溪市紅塔區東營清真寺內，碑文列鄭居正、鄭居廣、鄭有法、鄭有才等人，系鄭和十世孫、十一世孫。至今東營還居住著鄭和的後裔鄭雲章、鄭雲良等。
有關專家認為，玉溪的鄭和家譜與碑刻，記載了鄭和下西洋的豐功偉績，以及其後裔在玉溪的發展歷史，是研究中國明代航海家鄭和及其後裔發展的珍貴文獻資料。
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