据江苏省郑和研究会理事郑自海透露，郑和作为一名宦官，何来子嗣？这曾引起海内外人士的广泛争议。江苏作家朱芳进在《郑和》一书中虚构了“为郑和找老婆”的情节，说郑和老婆名叫妙云，原是明成祖身边的侍女，并生有儿子。郑和后人对此表示强烈不满。
郑自海介绍说，在郑和的故乡云南发现的《郑和家谱》称：“马文铭长子立嗣(郑和本姓马。马文铭是他的哥哥，其子被郑和收为养子)，移居南京三山寺，名曰马府口。”由此可见，郑和的后裔是由其养子繁衍下来的。
他表示，郑和在故乡云南的一支后裔，系由郑恩来的长子所繁衍。其中一部分在清朝末年因不堪官府的压迫而逃往泰国。当时郑和第十七代孙郑松林跟随马邦来到泰国北部的清迈省，并娶了当时管理清迈的士司的女儿，从此在当地落地生根。由于年代久远，泰国后裔已经不会说中文，甚至不知道自己的来历。现今泰国的一支后裔大约有一二百人；而生活在云南的一支后裔现在约百余人。
南京的一支后裔系由郑恩来的次子所繁衍。郑和家谱《首序》的后面原有单独一页用毛笔正楷书写的二十个大字“大尚存忠孝，积厚流自宽，藩衍更万代，家道泰而昌”，这象征郑家兴旺发达的诗句，也是南京郑和后裔的排行字辈。因郑和曾任南京守备，一生定居南京，部分舰队官兵也随郑和居住南京，并逐渐改姓郑，故在南京牛首山山南村形成了郑村。当年郑和还收养了两名亲侄子，一名留在云南老家，一名跟随郑和到南京，其后代也可能作为郑和的后裔。
经过郑自强的寻访，查到南京有五百四十四人，除已死去的一百五十四人和从南京调往外地或在外地出生的一百十人以外，目前南京还有二百四十二人，在苏州的后裔估计有二百人，在云南玉溪市红塔区北城镇的石狗头、大营、东营居住着郑和的后裔。
居住在云南玉溪、江苏南京两地的郑和后裔，都各有自己的家谱。郑自强说，碑刻是了解历史，寻觅祖先足迹的瑰宝，原在玉溪龙门村(今大营)旁的《建龙马桥募化引》碑，碑文中的郑溥为郑和后裔九世孙。《媲美后先》碑现存于玉溪市红塔区东营清真寺内，碑文列郑居正、郑居广、郑有法、郑有才等人，系郑和十世孙、十一世孙。至今东营还居住着郑和的后裔郑云章、郑云良等。
有关专家认为，玉溪的郑和家谱与碑刻，记载了郑和下西洋的丰功伟绩，以及其后裔在玉溪的发展历史，是研究中国明代航海家郑和及其后裔发展的珍贵文献资料。
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