1948年4月16日，经过近2年的审理工作，远东国际军事法庭首席法官韦伯宣布庭审工作结束。此时的28名战犯，除松冈洋右和永野修身因病死亡，大川周明发疯外，还剩25人。经过日夜磋商和磨合，众法官认可了死刑，并以6票赞成，5票反对通过了对7名战犯处以绞刑的决议。
1948年12月22日午夜23时30分，在远东国际军事法庭判上被处以绞刑的7个战犯由美国宪兵押送到一个小佛堂里，在由牧师做过忏悔之后押进了巢鸭监狱内的行刑屋里。在那里，七人吃过最后的晚餐后被验明正身，送上绞刑台。他们分作两批，第一批为东条英机、土肥原贤二、松井石根。在走上13级台阶的行刑台之后，东条英机提议在松井石根带领下三呼“天皇陛下万岁”。这是法西斯分子最后的哀鸣。随后绞刑执行，他们的头被黑布罩蒙上，接着绞索套在了他们的脖子上。此时，盟国管制日本委员会的中、美、英、苏的代表到现场监刑(其中中国代表为商震)。总行刑官向监刑官报告准备工作就绪之后，随即发布了行刑命令。这时，战犯脚底的活门突然弹开，战犯掉落空中，绞索绷直——很快绞索剧烈地抽动，底下传出呻吟声。几分钟后，由美苏两名法医带着听诊器走到刑台后方，确认四人已经死亡。接着是第二批三名战犯。在行刑工作结束后，七名甲级战犯的尸体被秘密运送到横滨市西区久保山火葬场焚化。为了不给军国主义分子留下任何可纪念的遗物，尸体焚化后的骨灰被美国军舰运送到100海里以外的大海中抛弃。
远东国际军事法庭由开庭到执行前后持续2年半，公开庭审818次，秘审131次，受理各类文件证据4330件，证人证词1194件。公审作出56件裁定，法官内部会议作出175件裁定。审判记录共48412页，判决书1200多页，工作耗资达750万美元。
虽然东京国际军事法庭受到了当时国际政治环境的影响，自身的缺陷导致审理过程存在诸多不足，一大批战犯以各种方式逃脱了正义的审判。但是这毕竟是一次根据国际公约、惯例和协议对战犯进行的合法合理的审判。它正式判定了侵略战争本身的犯罪性质，昭彰了战争和战犯的罪恶，惩处了一批罪大恶极者。它以实践的模式，把以往的国际公约以法律形式予以固定，成为国际上确认战争责任、惩治战争罪犯的普遍准则。这对于维护世界和平有着深刻的意义。同时，作为受日本侵略的最大受害国中国来说，东京审判以无可辩驳的证据还原了历史真相，还中国和中国人民以公道，一血前耻。
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