一九九六年一月至一九九九年十二月，石巧玲利用擔任中國醫學科學院腫瘤醫院住院處主任並負責出院結帳工作的職務便利，先後採取變造或偽造這家醫院患者住院醫療預交款退款書一千八百零一張，並假冒患者或患者家屬騙領醫院退款，前後共侵吞公款人民幣九百二十多萬元。
此外，一九九九年七月至十二月期間，石巧玲還利用職務之便，以將醫院住院預收款外存獲取利息發獎金為名，採用收款不入帳、向醫院財務處瞞報收款數額方式，截留公款人民幣三百七十七萬六千元後挪做他用。
法院終審認定，石巧玲已構成貪污罪，且數額特別巨大，維持一審死刑判決。
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