建國後不久，有人根據有關史料分析，考證出李自成在湖北通山九宮山為鄉民程九佰所殺。此後，有關單位經過實地調查及發掘檔案材料，確定李自成犧牲於順治二年（1645年）五月上旬。李自成死於通山九宮山之說幾乎成為定論。但是1981年初，湖南石門夾山發現了傳系李自成所作《梅花百韻》木刻版，又從奉天玉和尚墓葬中發現骨灰和磚刻《塔銘》，不少人據此印證奉天玉和尚就是李自成，提出夾山為僧的「禪隱說」，於是又引起了爭論的高潮。
「禪隱說」論者認為，近年來所發現的關於奉天玉和尚的文物，進一步說明李自成晚年確實當和尚。首先，乾隆年間，灃州知州何璘曾到夾山實地調查，見到一位服侍過奉天玉和尚、陝西口音的70歲老和尚，他告訴何璘，奉天玉是順治初年來寺，並取出其畫像，觀之「肖似史書所記李自成的模樣」。何璘撰寫的《書李自成傳後》被採入《灃州志林》，其後《楚南史贅》和《小腆紀年》等也都進行摘錄。其次，李自成在崇禎十六年（1642年）稱「奉天倡義大元帥」，後又稱「新順王」，自號「奉天玉」，即以「奉天王」加一點來隱諱。其三，夾山新發現的《梅花百韻》木刻版中有一首《東閣梅》說：「徐聽三公話政猷」，那口氣與和尚迥然不同，而像皇帝聽三公閣老論政。其四，夾山現存的三塊石碑：奉天玉弟子野拂立的「奉天玉」斷碑、康熙十四年楊彞子寫的《重修夾山靈泉院功德碑記》和道光三十年通州知州王大猷撰寫的《重修夾山靈泉寺碑誌》，都證明「奉天玉和尚」就是李自成。
但有的人仍然以為，李自成於順治二年死於湖北通山九宮山，並指出奉天玉和尚不可能是李自成。第一，何磷之說不可信，例如奉天王畫像，與史書並不一致，《明史》謂李自成「狀貌猙獰」，且在崇禎十四年左圖中箭，被稱「瞎賊」，而那畫像左目未眇，可見與李自成無關。第二，夾山現存的三塊石碑，並不證明李自成終於夾山，而只能證明確有奉天玉其人；《東閣梅》中「徐聽三公話政猷」之句，無非是按題作詩，懸擬之辭，並不指實，且李自成政權也未置三公。第三，李自成早已稱帝，為「李萬歲爺」，並「至死不去僭號」，他不隱用帝號，而用王號稱「奉天玉」，也不可信。第四，湖南大學者王夫之與李自成同時代，他撰寫的《永曆實錄》，所記李自成至九宮山「為土人所殺」有很大的權威性。同時《程氏家譜》是經過幾代一續編修的，儘管出於民國，但關於程九佰殺害李自成之事是依據舊譜轉錄的，決不是杜撰。該譜還與高湖《朱氏宗譜》和顧炎武《明季實錄》所載一致。第五，九宮山闖王陵的馬蹬遺物形制特殊，並刻有永昌年號，不是一般將士之物，這是李自成軍器的一個旁證；留存至今的《湖北巡按馬兆奎揭帖》、《荊州總兵鄭四維揭帖》等檔案材料，明確指出正1645年「闖逆已除」，大順軍余部立李自成之弟為「主」，如果李自成未死，怎能另立新主？同時《明史．堵胤錫傳》記載，李過稱李自成為「先帝」，稱高氏為「太后」，也是李自成已死的有力佐證。
還有人認為，李自成病死於湖南黔陽羅公山，其依據是清初谷應泰著的《明史紀事本末》和計六奇著的《明季北略》，書中都有詳細而明確的記載，並指出「清朝有賀表」，其可靠性較強。再從當時實際情況看，李自成屢戰屢北，跋山涉水，千里行軍來到湖南，鞍馬勞頓，心力交瘁，加上物資醫藥等供應匱乏，染病不起，以至身亡，是完全符合常情的。
總之，李自成歸宿究竟如何，至今仍是一個謎。
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