除了三焦所主之作用，与心包有其相似之处，此外又有其更丰富多样的不同作用。三焦除了保护脏腑，容纳浆液，减少摩擦，等作用之外，它还有上焦的熏蒸挥发，灌降雾露的作用；中焦的受气取汁，以黏膜吸收营养，补充血液的作用；下焦则“别回肠，注入膀胱而渗入焉。”即把胃中的水谷消化吸收之后，其水分则进入膀胱，所以，下焦又与上焦和中焦的作用有所不同，它主要是水分的吸收，代谢和排出废水，故其名为渎。无论从三焦的功能，特点，分布位置和循行路线来看，三焦与淋巴都有截然的不同，比如说淋巴管中虽有液体，而且分布于消化管和呼吸道等处的黏膜中，但其作用不等于黏膜，比如说左右上下肢都有淋巴，而内经却从未论及左右上下肢有三焦分布，笔者认为不可混淆。
又有医者认为三焦之上焦指肺，中焦指胃，下焦指膀胱，此说虽然部分符合三焦的分布结构，但其功能与三焦有明显不同，如肺主呼吸，为何未有经典论曰上焦主呼吸，而且肺胃膀胱各有大肠脾和肾与其成表里关系，为何又多出独一与心包为表里的三焦？
若细考古代医家对三焦的论述，几乎已明确提出三焦的结构。如张景岳指出：“夫所谓三焦者，像三才也，际上极下之谓也。所谓焦者，象火类也，色赤属阳之谓也。今人之一身，外自皮毛，内至脏腑，无巨无名，无细无目，其于腔腹周围上下全体，状若大囊者，果何物耶？且其最内一层，形色最赤，象如六合，总护诸阳，是非三焦而何？”景岳称三焦为大囊，当然是膜系统所组成之物。虞天民曰：“三焦者，指腔子而言，总曰三焦，其体有脂膜在腔子之内，包罗乎五藏六腑之外也。”其所谓之脂膜无疑是指黏膜，我们这里称其为黏膜系统应该更为符合《内经》之所指。
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