“两岸人民关系条例”修正条文经总统于二○○三年十月二十九日公布，其中第十条第一项明文规定，中国人民申请进入台湾团聚、居留或定居者，应按捺指纹并建档管理。
至于外籍人士入境台湾应否捺录指纹，境管局还在研议，吴学燕说，这是为了实行国际机场自动查验快速通关系统，拟比照二十七个先进国家的方式，外籍人士到台湾时，如果他们愿意走自动快速通关系统节省时间，可以自愿捺录指纹，就可以自动通关，如果他们不愿做这件事情，可以不按，走现行通关，最快二○○七年施行。
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