「兩岸人民關係條例」修正條文經總統於二○○三年十月二十九日公布，其中第十條第一項明文規定，中國人民申請進入臺灣團聚、居留或定居者，應按捺指紋並建檔管理。
至於外籍人士入境臺灣應否捺錄指紋，境管局還在研議，吳學燕說，這是為了實行國際機場自動查驗快速通關系統，擬比照二十七個先進國家的方式，外籍人士到臺灣時，如果他們願意走自動快速通關系統節省時間，可以自願捺錄指紋，就可以自動通關，如果他們不願做這件事情，可以不按，走現行通關，最快二○○七年施行。
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