军方隐瞒疫情是造成北京疫情扩散的原因，据官方媒体报导，总理温家宝在巡视疾病控制预防中心时表示，非典已在控制中，但“华盛顿邮报”引述消息人士表示，温家宝实际上却在巡视中，批评军方隐瞒疫情，并且强调要告诉人民实情。日前一名退休的北京外科医生蒋彦勇曾写一封公开信指责三○一医院隐瞒疫情，另一名中共疾病控制预防中心的官员也批评，如果不是军方医院一开始隐瞒疫情，北京目前的ＳＡＲＳ疫情也不会这么严重。
此外，数星期前当ＳＡＲＳ疫情在北京猖獗时，北京市领导也对中央隐瞒实际疫情，一名西方大使指出，这就好像华盛顿的疫情已相当严重，但白宫却浑然不知。世界卫生组织（ＷＨＯ）在北京办公室发言人也说，中共中央的确不知道疫情。
其实，中南海里的中共高层领导里有许多“北京帮”，例如前北京市书记贾庆林，他是现任中共九名政治局常委之一，另外，现任北京市书记刘淇为中共政治局委员之一，他们会向胡、温两人隐瞒疫情并不奇怪。
一名中共高层人士表示，这些人都知道事情的严重性，但如果一旦消息曝光，他们马上面临政治风险，所以他们选择封锁疫情。
前中共卫生部长张文康也是了解北京市实情的其中一人，三月廿七日北京一名病毒学家毕山林（音）曾警告张文康办公室里的一名高层官员，“ＳＡＲＳ将为北京带来灾难，我们必须想想办法。”
但是这名官员告诉他，部里已经知道这件事，但毕山林强调，他们得先和政府其他部门协调。最后北京告诉中央，“没有问题”，“我们可以处理，小事一桩”，毕山林指出，隔天一堆医护人员都感染了ＳＡＲＳ。
反而是广东省提供中共中央更多的合作，一名卫生部官员说，广东比北京更尊重中央，北京却毫不在意。
不久之后，胡锦涛以中共中央军委副主席的身份，要求军方医院公布实际的感染人数，四月廿日中共卫生部副部长高强公布初步的统计数字，人数大幅攀升，隔天张文康随即丢官，但胡锦涛的人前北京市长孟学农也跟着下台。
不过，大陆消息人士表示，胡锦涛和温家宝对军方的压力终究会迫使他们不得不直接面对江泽民，至今江泽民对于疫情仍未做出任何回应。
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