軍方隱瞞疫情是造成北京疫情擴散的原因，據官方媒體報導，總理溫家寶在巡視疾病控制預防中心時表示，非典已在控制中，但「華盛頓郵報」引述消息人士表示，溫家寶實際上卻在巡視中，批評軍方隱瞞疫情，並且強調要告訴人民實情。日前一名退休的北京外科醫生蔣彥勇曾寫一封公開信指責三○一醫院隱瞞疫情，另一名中共疾病控制預防中心的官員也批評，如果不是軍方醫院一開始隱瞞疫情，北京目前的ＳＡＲＳ疫情也不會這麼嚴重。
此外，數星期前當ＳＡＲＳ疫情在北京猖獗時，北京市領導也對中央隱瞞實際疫情，一名西方大使指出，這就好像華盛頓的疫情已相當嚴重，但白宮卻渾然不知。世界衛生組織（ＷＨＯ）在北京辦公室發言人也說，中共中央的確不知道疫情。
其實，中南海裡的中共高層領導裡有許多「北京幫」，例如前北京市書記賈慶林，他是現任中共九名政治局常委之一，另外，現任北京市書記劉淇為中共政治局委員之一，他們會向胡、溫兩人隱瞞疫情並不奇怪。
一名中共高層人士表示，這些人都知道事情的嚴重性，但如果一旦消息曝光，他們馬上面臨政治風險，所以他們選擇封鎖疫情。
前中共衛生部長張文康也是瞭解北京市實情的其中一人，三月廿七日北京一名病毒學家畢山林（音）曾警告張文康辦公室裡的一名高層官員，「ＳＡＲＳ將為北京帶來災難，我們必須想想辦法。」
但是這名官員告訴他，部裡已經知道這件事，但畢山林強調，他們得先和政府其他部門協調。最後北京告訴中央，「沒有問題」，「我們可以處理，小事一樁」，畢山林指出，隔天一堆醫護人員都感染了ＳＡＲＳ。
反而是廣東省提供中共中央更多的合作，一名衛生部官員說，廣東比北京更尊重中央，北京卻毫不在意。
不久之後，胡錦濤以中共中央軍委副主席的身份，要求軍方醫院公布實際的感染人數，四月廿日中共衛生部副部長高強公布初步的統計數字，人數大幅攀升，隔天張文康隨即丟官，但胡錦濤的人前北京市長孟學農也跟著下臺。
不過，大陸消息人士表示，胡錦濤和溫家寶對軍方的壓力終究會迫使他們不得不直接面對江澤民，至今江澤民對於疫情仍未做出任何回應。
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