從17世紀初開始，朝鮮人越境的主要目的是為了採參賺錢，當時人參是高級商品。清建國後，朝鮮人在鴨綠江一帶越境採參，大多結夥同行。因為關係到柳條邊外山場的經濟利益，清朝皇帝幾次下發敕書，要求朝鮮嚴禁邊民越境。順治年間八旗參山大多集中在鴨綠江北岸興京一帶，甚至皇室貢參也主要產於此地。兩國圍繞此問題的交涉從未間斷過。
三道溝事件發生後，清政府態度強硬。首先通過禮部要求朝鮮將犯人緝拿歸案以待審訊，隨後派出查使調查使用鳥槍擊傷畫輿圖的清朝官兵的犯人，並強調要追究朝鮮國王疏於防禁的責任。
朝鮮方面迫於壓力，在西北兩道大肆搜捕犯人。「以犯越人事辭連逮捕者前後相續，邊氓驚擾，鳥竄魚駭，不可不開諭安集」。當地主管官員等數百人被捕，一些地方官畏罪自殺，如默認數十人越江採參的厚州軍官、土兵及僉使便先後自殺。
在處置犯人的時候，朝鮮提出放鳥槍的6名主犯處斬、妻子為奴；其他越境者19名因同參越境亦處死；地方官分別處以革職流二千里、降等二級或五級。
清朝查使要求朝鮮國王擬定一份謝罪書，不過朝鮮三公「楹外自請受罰」，清使不得以讓國王用言語表示謝罪，國王道：「邊民犯法潛越放鳥槍傷害官人」，「非敢有一毫漫忽之心，而事至於此，莫非禁令不嚴之致，今奉皇敕惶悚罔措」。
清政府提出罰銀兩萬兩，朝鮮三名使臣組成的陳奏使在北京引經據典，列舉歷代朝鮮人得罪清朝時處罰止於本人而未及國王的事例，指出罰銀國王「有乖於大朝前後體恤之盛典」。所幸是清朝皇帝沒有問罪三使臣，不過朝鮮方面則對三使進行了內部處理。
三道溝事件後，朝鮮制定防止邊民越境的條例，實行近二十年的禁參政策。禁止西北邊採參，並規定西北邊犯越者不論採參還是狩獵，也不論是首倡還是隨從，一律在境上梟示。為了防止邊民潛入廢四郡地區採參，在廢四郡1000餘里地方加設把守100處。還將這次事件的越江處厚州郡，從行政建置中抹掉，將軍民人等全部撤出。
事件最終結果是：施放鳥槍的主犯6人仍被處斬，其他越境者流配邊地，國王被罰銀二萬兩，三使臣降等四級仍可調用。
三道溝事件為清朝對朝鮮人越境問題嚴重交涉的典型事例，顯示了清朝處理這一問題時嚴厲的一面。
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