國親當場提出訴訟的事實及理由包括，十幾種可能影響票數的不合理現象；無效票高達33萬多票，比前兩次大選多出二十幾萬票；公投法明定不得同時舉辦，但民進黨宣傳「公投100」，「總統選一號，公投蓋圈圈」，對原告造成選舉不公；槍擊案後資訊不立即公開，對選民的投票意願產生影響，也影響另一組候選人正常活動；啟動國安機製造成軍憲警無法投票。
綠營則強調，不論藍營如何主張，公投綁大選、槍擊案、國安機制啟動等最多屬於選務瑕疵，不能適用國親提起訴訟依據的總統、副總統選罷法104條第1項「當選票數不實，足認有影響選舉結果之虞者」。綠營表示，總統同意全面驗票的前提只限於前述條文，有關選務瑕疵、選舉違法等，與當選無效的訴訟無關。
藍軍律師姜志俊表示，選罷法102和104條雖不同，一為選舉無效，一為當選無效，但兩條文有競合問題，亦即雖然藍軍提起當選無效之訴，但當選的票數不實，有可能是當選人或選務機關以其他違法的手法造成，公投綁大選等事件當然與當選無效訴訟有關。
綠營律師強調，如果藍營真心要驗票，他們才會同意，但若一直以選務瑕疵摻入本件訴訟，最好先提起選舉無效訴訟，「把選舉無效官司打個一兩年，再來驗票」！
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