一九八八年十二月二十九日，伍绍祖被正式宣怖任命为国家体委主任。而原主任李梦华祗剩了一个中华全国体育总会第五届委员会主席的虚职，其二九九O年亚运会组织委员会执行主席的职务也移给了伍绍祖。该组织委员会的名誉主席为万里，主席为陈希同。一九九O年十二月十八日，伍绍祖又担任了中华体育科学学会理事长。
李梦华去职的表面原因是他当时已经六十七岁，超过了部长级干部的应退休年龄（六十五岁），但据说真正的原因是在一九八八年的第二十四届奥运会上大陆派出的选手五一败汉城”，金牌数屈居第十一，甚至曾因“五连冠”而一度称霸世界排坛的中国女排，也在这次大赛中失利，引起国内各界的强烈不满。故中共想以主管领导的撤换求得“重整旗鼓”。
为了证明伍绍祖能够胜任体委领导工作，中共宣传材料刻意介绍他“是一个体育爱好者，在大学读书时，他喜欢长跑，曾担任清华大学物理系的体育协会主席。他是射击项目的三级运动员和三级田径裁判员。”
其实这种宣传祗能带来负面效果，就好比把一个士兵一夜之间突然升为元帅的原因，解释成“因为他是个士兵所以能当元帅”。何况伍绍祖过去仅仅是个“体育爱好者”，并不是专业运动员出身。所以如果说现任大陆体委副主任徐寅生、袁伟民等人都是体育界“士兵”出身的话，伍绍祖充其量只能算是“民兵”出身。
伍绍祖上任之初即面临一个巨大挑战。一是他上任时距亚运会开幕祗有六百多天，国内外许多人都对大陆能否完成所有前期准备工作信心不足．！二是他上任半年即又赶上“六四”事件，使中共陷于建政四十年来从未有过的内外交困之中，所以亚运会还能否如期成功举行，成了中共是否还有能力控制局势的重要标志。
第十一届亚运会终于在一九九O年九月至十月，在北京如期举办并顺利结束，中国大陆代表团以金牌总数超过其他所有参赛国家金牌总数之和三分之一的绝对优势，而遥遥领先。这使得伍绍祖脸上大为有光。
从国内讲，事前“亚运意识”和事后“亚运精神”的宣传鼓动及大陆代表团所取得的优异成绩（尤其是因为远远超过了日本和南韩）使得中共至少是重新调动起了许多人的“爱国主义认识”，为打破“六四”后国内老百姓，尤其是北京老百姓的消极反抗僵局起了很重要的作用．！从国际上讲，对缓和世界民主国家对“开枪政府”的舆论谴责和外交压力，推行“笑脸外交”起了很有效果的推动作用。
虽然谁也不会认为这都是伍绍祖一个人的功劳，但人们起码会因此认为他到体委后的工作“一炮打响”。
正因为如此，亚运会结束后的一段时间里，时任北京市市长的陈希同、副市长张百发，处处要强调一下北京市为亚运会做出的“巨大贡献”，似有与伍绍祖争功之嫌。
一九九O年一年，整个中国大陆的体育界共有八人三队十六次创造十四项世界纪录；四十九次创亚洲纪录；三百三十一人二百二十”次创一百三十二项全国纪录，比李梦华主持体委工作的一九八八年要好得多。这也是伍绍祖体委主任的位子越坐越稳的重要因素。一九九一年，伍绍祖更不甘寂寞，主动出击，不遗余力地鼓吹争办二OOO年奥运会的必要性和可能性。大陆有人评论说他这是在努力迎合邓小平、江泽民等人“贪心不足蛇吞象”和“好大喜功”的心态。
一九九一年四月十一日，“北京二OOO年奥运会申办委员会”正式成立，伍绍祖出任执行主席。
据报导，伍绍祖本人也十分明白竞争到二OOO年奥运会的举办权谈何容易，前有德国柏林、法国巴黎、希腊雅典、英国伦敦、澳洲雪梨，后有加拿大、义大利、巴西、土耳其、甚至罗马尼亚的重要城市，全世界共有十几个国家的大城市在角逐这块肥肉。而在这些国家面前，中国大陆方面恐怕祗敢把罗马尼亚一家不放在眼里。
即使是这样，伍绍祖也表示一定要尽最大的努力竞争到底。用他的话说：“争办奥运会本身，就利于振奋我们的民族精神，增加外部对中国的了解，进一步推动改革开放事业”；“扎扎实实地做好国内的各项工作，维护政治稳定和社会安定，是我们对外力争承办奥运会的基础”。
不难看出，伍绍祖及中共方面对于承办奥运会所表现出来的积极热情，比起其他竞争者更多了一个最主要的目的，就是利用这件事情来为巩固现政权的统治服务。
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