印尼社会事务部先前曾表示这次地震的遇难者人数为4983人。该部门一位官员表示，在这场里氏6.3级的地震当中遇难的大多数人员，即3080人都是生活在震中附近的古都日惹南部的班图尔县等地的居民。
地震发生后，日惹面临着可能发生瘟疫的巨大威胁。由于印尼地处热带，气温高达三四十摄氏度，遇难者众多，加上救援进展缓慢，因此印尼和国际卫生机构特别担心遇难者的尸体迅速腐烂后会导致瘟疫的发生和蔓延。为此日惹地方政府呼吁遇难者的亲朋好友和救援机构加快对尸体的处理，迅速开展对灾区的防疫消毒工作，一定不能让瘟疫暴发。
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