军方高层证实，原本配置于陆军第六军团的复仇者车载型防空飞弹在近期内已悄悄的在机场附近进行机动性移动演练，台湾陆军目前共有200余套复仇者野战防空飞弹系统，部署于3个军团，每个军团分别编一个野战防空营，一个野战防空营约须70余套复仇者，并将之部署3个连，每个连约有27套复仇者系统。
上一次总统大选前，军方为反制可能出现的斩首行动，曾经将陆军第六军团野战防空营的复仇者飞弹移防到台北市宪兵司令部内驻防，在选举过后，这几部车载型复仇者飞弹又离开台北市，而最近却常出现在林口基地与桃园附近游走。由于车载型复仇者飞弹机动力强，由他担负起两岸包机直航反制任务机入侵的把关与立即反制武器，是最适合不过的。
此外，中正机场附近最近也增加包括陆军特战第862旅的官兵进驻、甚至连宪兵夜鹰突击队也被赋予任务编组，陆军特战第862旅与宪兵夜鹰突击队及南部海军陆战队特勤中队与警方的特勤队是国内四支有名的反恐部队，这些部队在中正机场附近确实有机动部署的单位，至于驻地与人员如何调动，军方目前均以机密为由不便透露与证实，只提到：包机直航虽在安全上有所顾虑，但在配套措施下，国防部认为有能力防范！为台湾的反制战力留在深不可测的伏笔。
中时晚报的报导说，对于29日首航，相对大陆各航空公司以两岸中断56年民航直航为诉求，且大肆宣传，台方却为避免被误导包机为两岸直航，主管机关陆委会已要求各航空代办大陆民航机首航抵台的庆祝仪式也要低调些，一切从简，就连新闻采访也要求要低度采访，对媒体还采自然区隔，并希望大陆航空代表只派一位接受采访，并不得有政治话题，要以商业谈话为限。
在台湾接待大陆航空公司的仪式上，陆委会也规定“处理原则”，强调一切从简和新闻采访要低度，且希望时间接近者尽量合并办理，并希望两岸同等对待，仪式地点也仅限制在候机室，停机坪不宜办理活动。
根据了解，台湾各航空公司都接到陆委会指示，包机航线必须经香港、广州、武汉至北京，上海航线也要经香港广州再转，航空公司机师表示，这会多花20分钟，但香港航管可能会依惯例要求航机到香港后提前北转；航空公司表示，到时候是航管最大，他们只能听从航管指挥。
航空公司表示，其实只要不走海峡中线直飞大陆应该就不违反政府规定，但现在政府要求经香港飞航情报区后，还要飞一个大U字型，要多花20分钟。
另据报导，岸历史性首航包机将于1/29日开始，届时北京首都机场与桃园中正机场都会有隆重的欢迎仪式，其中北京将会在第四号维修厂棚举行，而台湾则是选在中正机场第二航厦的后机室举行，预料许多两岸重量级人士以及国际各大媒体都会出席，两地负责首航仪式的航空公司地勤人员也莫不积极准备，来欢迎台商和对岸航空公司的到来。
1/29日首航当天，从大陆飞抵桃园中正机场的班机共有六班，其中中华航空共代理了中国国际、中国东方、中国南方和海南航空四家，这四家航空公司也会由中正机场第二航厦离到。
华航发言人韩梁中表示，为了尽地主之谊，华航董事长江耀宗将会亲临现场主持首航仪式，并邀请民航局长张国政参与，来欢迎各航空公司及台商，由于这四家航空公司抵达时间不同，南方航空将于9点30分抵台，东方航空12点抵台，而国际航空及南海航空则同时于12点30分抵台，所以同时会举办三场首航欢迎会。不过由于陆委会否决以舞龙舞狮方式迎接大陆航空公司，所以预料1/29日的首航仪式会较简单隆重。
相对台湾官方的低调处理，北京方面则会以盛大热闹的首航欢迎仪式来迎接中华及长荣航空，届时少不了一些政治敏感话题，在被问及若北京方面以“欢迎回到祖国！”来迎接时该如何应对，华航与长荣的两位机长倒是不约而同的说：“我们也欢迎你们到台湾来！”
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