黄琦于2000年6月3日在办公室被成都市公安局逮捕，之后无罪关押近3年而不宣判。在关押期间，被迫睡地上，并遭到残暴殴打，失去牙齿并伤及身体关键部位。
目前，黄琦患有头疼、湿疹以及心脏疾病，监狱医疗条件恶劣而无法治疗。现在唯一的希望就是能提前出狱治疗。
黄琦被以“颠覆国家政权”罪判处5年徒刑。按判决书，他应于2005年6月2日释放。
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