小泉以突然造访的方式参拜，随从只有身边秘书和首相警卫。其参拜形式与前三次一样，在神职人员的引领下来到大殿，鞠躬行肃穆礼，没有按神道仪式参拜。据说这是为了避免违反宪法规定的政教分离原则。但在记账签名时，小泉仍署上了“内阁总理大臣小泉纯一郎”的名字，并自费支付了3万日元献花费，可以认为，小泉是以公职身份参拜靖国神社。
参拜结束后小泉回答了记者的提问。他说：“日本今天的和平与繁荣是建立在战争年代先辈们牺牲基础之上的，参拜是为祈祷今后日本的和平与繁荣。”小泉特别强调日本有“初诣”（新年参拜寺庙神社）的传统，很多人都到神社参拜。有记者问到参拜会遭到亚洲国家的反对时，小泉答称：“每个国家都尊重自己的历史、传统和习惯，对此不应说三道四。我想这在今后会逐步得到各国的理解。”他还称，今后将坚持每年参拜一次。
小泉顽固坚持参拜靖国神社，引起了日本国内和平势力和周边国家的强烈反对。日本共产党书记长市田忠义发表谈话，指出小泉连续参拜靖国神社，“会使亚洲国家认为日本没有认真反省战争责任”。日本民主党党首菅直人认为，参拜靖国神社是小泉为强调个人信条而损害国家利益的行为。日本社团法人日中友好协会理事长村冈久平发表谈话，对小泉不顾近邻各国和人民的反对顽固参拜靖国神社表示愤怒和抗议，他指出，近年来小泉连续参拜（靖国神社）是阻碍中日两国政治交流的原因，他对小泉参拜所引发的亚洲国家对日本的警惕和不信任的增加表示忧虑。
中国就日本首相再次参拜靖国神社表示强烈愤慨，外交部副部长王毅今天奉命紧急召见日本驻华使馆临时代办原田亲仁，就日本首相今天参拜靖国神社提出严正交涉。王毅表示，中方对小泉首相不顾中国人民和亚洲人民的反对，一意孤行，再次参拜靖国神社表示强烈愤慨。对这一伤害战争受害国人民感情的行径予以强烈谴责。
王毅说，靖国神社中供奉有双手沾满中国和亚洲人民鲜血的甲级战犯亡灵。小泉首相无视深受侵略之害的中国和亚洲人民的感情，无视国际共识与良知，一而再、再而三地参拜供奉有甲级战犯的靖国神社，不仅违背了其本人反省侵略战争的承诺，也进一步损害了中日友好关系的政治基础。对这种背弃信义的行为，中国人民绝不能接受。
王毅指出，“以史为鉴、面向未来”是对待历史问题的唯一正确态度。如果日本领导人在靖国神社问题上继续坚持错误作法，必将更加失信于中国、亚洲乃至世界人民，最终也必将损害日本自身的利益。我们要求日本领导人认真听取中国人民以及亚洲人民的正义呼声，以实际行动消除参拜造成的恶劣影响。
同日，中国驻日本使馆也向日本政府提出了严正交涉。 同一天，韩国外交通商部也发表谈话，指出小泉参拜伤害了韩国的民族感情，在愤怒谴责的同时要求小泉停止参拜靖国神社。
分析家认为，小泉选择年初参拜靖国神社有其多重用意：其一，利用日本人新年参拜神社寺庙的习惯前往参拜，淡化其作为国家领导人参拜靖国神社的政治色彩，减缓亚洲国家的反感情绪。其二，新年是日本最长的假期，全国休假，一些报纸休刊，此时参拜可以避免媒体炒作。小泉在2001年春天竞选自民党总裁时曾多次声称，无论其他国家如何批判，自己也一定要在每年的8月15日参拜靖国神社。此后，由于亚洲国家和人民的强烈反对，他虽然回避了8月15日，但还是分别于 2001年8月13日、2002年4月21日、2003年1月14日连续3次参拜靖国神社。
舆论认为，小泉以“各国历史、传统、习惯不同” 为自己的参拜做解释，不过是一种狡辩。因为世人尽知靖国神社内供奉着第二次世界大战中双手沾满亚洲人民鲜血的甲级战犯，日本国家领导人参拜此地是涉及一个国家如何认识和对待那段侵略历史的根本性问题，岂能用个人信仰或传统习惯做搪塞。
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