蒋彦永在今年四月初致信媒体，揭开了北京中央卫生部掩盖SARS真相，欺骗公众，欺骗国际社会的事实，令"胡温体制"采取断然措施，纠正了抗疫的偏差，从而挽救了成千上万人的生命。但他却从此受到了不公正的对待。据《亚洲周刊》报道，蒋彦永从此被当局"内控"，虽然享受解放军军级生活待遇，但他不能随便接受媒体的采访，尤其是海外媒体的采访。他一再表示，采访必须要经过上级批准，"这不单是他个人的事，而且也是医院的事和军队的事"。
据有关报道称，中国大陆党政当局不但没有把他看作是抗击SARS的英雄，反而认为他"违反组织纪律"，向他发出了警告，"给他记下了一笔帐，绝不允许他再向媒体发表什么议论"。解放军三零一总医院个别"政治正确"人士，更对他这种"无组织，无纪律"不以为然，放出了蒋"被弄起来了"（北京政治术语，被关押之意）的风言风语。北京有些官员甚至媒体人士，了解中国的政治现实，对与蒋的接触，都视为"敏感"地带。
目前，蒋彦永虽然已经退休，但继续被三零一医院"返聘"。十二月十六日下午，他刚刚到医院完成了一例手术，觉得很开心，他说每天都有事情忙，"很多事可以做"，希望多做点有益的事，多救几个病人。
表面上，蒋彦永可以自由自在到医院做手术，参与医疗活动，但他在政治上被"内控"却是事实。北京有关部门一位官员证实，蒋彦永现阶段不能接受媒体采访，称他"是一个敏感人物"。这位官员还把蒋彦永当初向媒体揭露北京国务院卫生部掩盖"非典"真相一事作了这样一个比喻：就像一位小学生逃学之后不去上课，但他却在这段时间从河里救了一个人，"你说他到底是犯了错误还是立了功"？
在中国大陆政治环境里生活了一辈子的蒋彦永，当然知道自己目前的处境，他多次提醒欲采访他的记者，要得到采访批准基本上不可能。据称，《亚洲周刊》根据有关采访规定，曾透过正规的北京官方管道，希望采访蒋，但得到的回复是："蒋彦永去美国了。"其实，蒋彦永一直在北京，他说："我这些天一直都在北京啊，什么地方都没去。"之后，连续十多天，官方机构对采访蒋彦永的查询，开始以"对方没人接电话"或"找不到人"推托。
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