三农危机的出现和严峻，与制度弊端特别是社会未走向法治之道息息相关。
二元结构 身份歧视
中共中央长期实行倾斜政策，是导致城乡差异大、许多乡村和农民贫穷化的制度弊端之一。
在资源短缺和加速城市工业化的取向之下，中共中央的资源配置向城市和工业倾斜，以工农业产品的剪刀差，抽取农民从事农业的大部分成果支持工业化，形成城乡二元结构。这种结构造成的城乡差异是：城市的工业化、市政建设获得远大于农村得到的资金和物资；城市职工的工资，远多于农民的农耕收入；城市职工获得医疗、退休保障等社会福利，农民却一无所有，以致贫户"有病无钱医，重病只有等死"；城市居民不必承担税外的承担，农民却要负担农业税之外的摊派、工役。
二元结构必然导致身份歧视，农民不能享有平等的国民待遇，这是制度弊端之二。
在二元结构下，城市人与乡下人是两种截然不同的等级。农民深受户籍管制之苦，不能到城市就业、居住，子女不能在城市念中小学，近几年农民虽可进城干粗活，但许多城市对"民工"乱收费和歧视；城市职工可参加工会，农民却不能组织农会；城市人与乡下人的教育机会极不平等，前者可享义务教育，后者则要承担中小学的办学经费，城乡学校设备、师资的差异和居民收入悬殊，使乡下人受教育的机会少得多，入名校的困难更大。这种等级差异，意味农民及其子女未能享平等的国民待遇，却要承受身份的歧视。
土霸横行 难以脱贫
毛泽东的专政论，使乡村政权成为监控农民的专政机构，许多乡村干部成为欺压、盘剥农民的土霸。这是另一制度弊端。
八十年代经济体制改革以后，官方不再强调毛泽东的阶级斗争论，但并未放弃专政论，乡村政权的实际职能是监控农民，向农民摊派负担，不少干部以权谋私，成为新兴的地主和土霸。
在上列三种制度弊端之下，农民及其下几代的教育素质很低，是必然的结果。教育水准低、现代科技引入农耕的程度低，使农民难以脱贫，个体农业前景黯淡。
七十年代末、八十年代初，改革家万里、赵紫阳在乡村试行包产到户，获得胡耀邦、邓小平等支持，最终导致人民公社解体，这是农奴解放运动。八十年代中后期，乡镇企业的崛起，为农民提供了就业和增加收入的机会，但九十年代特别是中期之后，官方的摊派加重，贪污勒索猖獗，农民的农业经营和生活面对极大困难。
这几年朱熔基主持国务院，着墨点之一是缓和三农危机；费改税的试点、城市化的户籍管制的放松，有助于缓和三农危机。但更高领导层以"隐定压倒一切"为由，未能很好正视三农危机和民疾，缺乏实施乡村改革的决心和魄力。
历代政治家和开明帝王，大都注重农民的休养生息。清代乾隆帝说："为治之道，在于休养生民，而民之所以休养，在乎去累民者，使其心宽自得，以各谋其生，各安其业。"
新一代领导人胡锦涛、温家宝一再说"执政为民"。能否全面、切实解决三农危机，让农民休养生息，是对"执政为民"承诺的考验。
作者丁望：香港资深新闻出版工作者(文章仅代表作者个人立场和观点)
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