在高官问责制下，以往由政务司长统率的决策局以及财政司长辖下的财金部门，全部改为直属特首，两位司长的权力毫无疑问会大幅削弱，而问责制的局长(即一般通称的部长)多达十一人，旧部门没有大刀阔斧的裁减合并，意味将来各局长权力分散，没有一个人能独拥大权，足以对特首形成“威胁”。
在各个高官中，政务司长的角色最为尴尬。财政司长尽管被削权，但仍有“财政”可理，律政司长和其他局长，亦有他们的专属职务范围，分工明确，唯独政务司长的角色至今尚未明朗，其统率各部的权力已然失去，将来还有什么“重要工作”可做，实在令人疑惑；说不定政务司长会变成一个“不管部部长”，权力比其他局长还低。
高官问责制无疑是一次政治大换班，将董建华不信任的前港英高官的权柄全部收回。回归后最初几年，北京和董建华为了稳定局面，同意让港英时代的高官集体过渡，但他们对于港英官员的疑虑始终没有消减，以往董与陈方安生的矛盾就是在这种背景下产生。
陈方安生离任，只属人事更迭，未足以清除港英旧官的影响力，现在的高官问责制，则在制度上根本改变特区权力架构，除了特首一人之外，没有任何官员可拥有综括各决策局的权力，那些所谓“手袋党”、“港英馀孽”，今后倘不“提早退休”，就要退居“高官”副手，完成董建华的分阶段权力转移计画。
问责制将权力集中于特首一身，消除政出多门的决策和施政障碍，也许并非坏事，但没了其他官员的“制衡”，特首本人的智慧和魄力就变得非常重要。董建华过去五年政绩不佳，现在连政务司长的权力也“揽上身”，他是否有能力主持大局，实在令人忧心。
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