國清寺創建於隋開皇十八年（598年），位於浙江省天台山南麓，這裡五峰環抱，雙澗縈流，古木參天，伽藍巍峨，是中國佛教天臺宗的發祥地，也是日本和朝鮮半島佛教天臺宗的祖庭，與山東長清靈岩寺，江蘇南京棲霞寺，湖北當陽玉泉寺並稱「天下四絕」。這裡也是濟公活佛出世的地方。
相傳，陳宣宗太建七年（575年），智顗帶慧辯等二十餘名徒到天臺，結茅成庵，遍植松柏，數年之間，規模擴展，竟成街衢，陳宣宗對智顗十分禮敬，為智顗在天台山上敕建寺院稱「修禪寺」、並 「割始豐具（即今天臺縣）調（賦稅）以充眾費，蠲兩戶民（勞役）以供薪水」。智顗在修禪寺坐禪修行，前後十年。此後，在陳後主的懇請下，下山到金陵講經說法，但正值陳末陳末戰亂之時，智顗即離開金陵雲遊，先後至廬山、南嶽、荊州、揚州，最後於隋開皇十五年（595年）回到天台山，前後又。餘年時間。此時，修禪寺已荒廢了，智顗發願要在天台山另建佛剎，但未能如願即去世了。智顗圓寂後，弟子灌頂遵循智顗遺願，得到晉王楊廣的支持，於隋開皇十八年（598年） 開始建寺。寺成，初名天台山寺。大業元年（604年）太子廣即位，尊智顗「寺若成，國即清，當呼國清寺」之遺言，而賜額「國清寺」。國清寺是在灌頂主持下興建的，他也是國清寺的第一位住持。灌頂（561-632），俗姓吳，字法雲，祖籍常州義興（今江蘇宜興），後移居臨海章安（今章安鎮）。七歲從攝靜寺慧拯出家，二十歲受比丘戒。南朝陳後主至德元年（583年），到天台山修禪寺拜智顗為師，稟受觀法，精心研究，遂為侍者。智顗平生著述，多由他集錄成書，是智顗創建天臺宗的得力助手。智顗圓寂後，他一方面整理智顗的著述，另一方面修國清寺，並以國清寺為基地傳弘天臺宗教法。天臺宗是由智顗開創，而後由灌頂繼承併發展起來的。
自灌頂建寺以來，國清寺時有興衰。唐會昌五年（845年）滅佛時，寺宇全毀，僧侶還俗。大中五年（851年）至咸通五年（864年）間又陸續重建，書法家柳公權題「大中國清寺」額。宋景德二年（1005年）改名為「景德國清寺」。建炎四年（1130年）詔易教為禪。元時禪教互爭，至正元年（1341年）曾修繕，不久因寺僧相攻而衰廢。明洪武十七年（13以年）又毀於大風。隆慶四年（1570年）重建大殿，後又毀。萬曆二十五年（1597年）又重建。清雍正十一年（1733年）八月至十三年八月問又重建，後又有增修。十年動亂中，佛像被砸，文物被抄，法器、石獅毀壞殆盡。1973年對建築進行全面整修後，重又修復佛事活動，並對外開放。
國清寺與日韓的佛文化、茶文化有著不解之緣。
天臺宗弘傳日本，與日本「遣唐使」關係密切。唐順宗永貞元年（804年）日僧最澄帶著弟子義真，到達大唐明州（寧波）海岸，經臺州，直登天台山國清寺學佛。次年回國時，帶回天臺宗經綸疏記及其它佛教經典的同時，還帶去茶籽。後在日本依照天臺國清寺式樣設計建造了延慶寺，還在近江臺麓山試種茶樹，當為日本種茶之始。
中韓兩國佛教的友好交往源遠流長，早在南陳時，新羅僧緣光即於天台山國清寺智者大師門下服膺受業，隨著天台山宗佛教的友好往來，飲茶之風很快進入朝鮮半島，並很快從禪院擴展到民間。公元十二世紀後，新羅德興王又派遣唐使金氏來華，其實唐文宗賜予茶籽，朝鮮開始種茶。從此，飲茶之風很快在民間普及開來。
總的來說，國清寺對中國茶葉東傳，特別是日本，韓國的飲茶與種茶，起到重要的作用。
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