國民黨這次在立委選舉席次取得壓倒性的勝利，未來在國會也會形成一黨獨大，東吳政治學系教授吳志中認為，就權力制度分析，未來四年的國會衝突會越來越嚴重，甚至像回到威權時代，臺灣的分裂情況勢必更糟。
吳志中進一步分析說，民進黨在立委選舉上拿到的席次連三分之一都不到，但在政黨票的得票數上，確有接近四成的得票數，可見支持度仍舊存在，如果是在國外的民主國家，或許可以化解這樣的矛盾，但臺灣近幾年來嚴重分裂、對立，衝突勢必持續發生。
吳志中表示，其實單一選區的制度是世界趨勢，但這樣的選舉方式有其盲點，尤其國民黨是一個"剛性"政黨，和民進黨合作的機會微乎其微，和國外政黨調性不同，未來可以預見，國民黨想要在國會怎樣做，幾乎無人可以制衡。
單一選區兩票制雖然是世界民主國家的主流，但吳志中一直反對立委人數從原本的兩百二十六人直接腰斬一半，吳志中說，這是因為臺灣的立委"權力過大"，若人數一下子減少太多，又出現國民黨這樣在國會獨大的情況，就更容易衍生出國會問題，反而不是人民之福。
另一位學者王業立分析指出，臺灣首度實施單一選區兩票制，讓每個候選人的支持度差一點，得到的選票就會差很多，而民進黨過去擅長操弄意識型態，但這樣的作法，對於單一選區的中間選民並沒有拉攏的效用。
王業立認為，過去八年來，民進黨執政讓民眾觀感不佳，加上選舉前又有"去蔣化"和拆除"大中至正"的行動，也都讓民進黨選情有"扣分"效果，加上陳水扁總統全臺走透透，輔選的談話又沒有幫助選情的效果，因此種種因素影響選舉結果。
王業立還認為民進黨的黨內初選制度需要改進，特別是一開始就"深度排藍"，讓一些形象好的立委無法代表民進黨出征，他特別指出，"如果當初由蕭美琴代表黨內出征，或許北市也不會全盤皆輸。"
王業立提醒民進黨，新選出的立委在二月一日上任，行政院長張俊雄率領內閣一月二十八日總辭，這段期間民進黨該找誰擔任閣揆，而新任閣揆要全力拼總統大選，還是要好好的當個看守內閣，也會左右民進黨的總統選舉之路。
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