對此，中國外交部發言人表示，中國天主教區選主教，是嚴格按照民主程序進行的，充分尊重絕大多數教友的意願，認為梵方對中方的指摘是毫無道理。發言人又指，中國有誠意改善中梵關係，希望梵蒂岡亦尊重中國教會，和廣大教友的意願，為改善中、梵關係創造良好氣氛。
在舉行儀式的昆明教堂門外，當日早上六時許已經有人排隊，等候入內觀禮，教堂外掛上祝福及歡迎新主教的標語，也有警察在場維持秩序，凡是進入教堂的人都要接受檢查。
據報，天主教愛國會副主席劉柏年及中國部分教區的主教，也會到場參與儀式。中國天主教愛國會還表示，希望梵蒂岡尊重中國教會的選擇，不要干預或反對任命，並認為這次任命，正好對中梵關係作一次考驗。
據專門報導天主教及教廷消息的亞洲新聞通訊社駐北京通訊員報導，其實馬英林神父本人也不願意舉行祝聖儀式，但劉柏年卻堅持在違背聖座意願的前提下，繼續舉行儀式。從1999年至今，馬英林神父一直是劉柏年的手下，協助劉柏年工作。
分析人士稱，中梵本來正積極展開對話，就正式建立外交關係作好準備，但這次事件令談判過程蒙上陰影。四十歲的馬英林是中國愛國會的教務委員會秘書長，身兼人大代表。梵蒂岡指他牧靈經驗不足，反對任命他為主教。
亞洲新聞通訊社報導，29日早上10時許，香港教區主教陳日君樞機傳真一份聲明到昆明教區辦公室，要求昆明教區「停止祝聖馬英林神父為昆明教區主教，因為他沒有獲得聖座的批准」。
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