海嘯發生四星期後，印尼當局說，在印尼還有部分屍體沒有找到，遇難者總人數約為22萬5千人。但根據《獨立報》所做統計，由於戰亂地區幾萬名死難者的數據已經公開，整個海嘯遇難總人數已超過25萬人。
幾十年來，印尼及斯里蘭卡政府與各自的叛亂武裝團體一直在進行血腥的戰鬥，政府對叛亂地區幾乎沒有任何控制力。由於資訊不足，人們大大低估了海嘯給這些戰亂地區帶來的傷亡及損失情況。
斯里蘭卡泰米爾猛虎組織說，在他們的控制區，至少有3萬人死於海嘯。
在印尼，救援人員也不得不謹慎從事，以避免捲入政府與亞齊叛軍之間的爭端。一些倖存者稱，救援營地附近夜間會聽到交火的槍聲。
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