三農危機的出現和嚴峻，與制度弊端特別是社會未走向法治之道息息相關。
二元結構 身份歧視
中共中央長期實行傾斜政策，是導致城鄉差異大、許多鄉村和農民貧窮化的制度弊端之一。
在資源短缺和加速城市工業化的取向之下，中共中央的資源配置向城市和工業傾斜，以工農業產品的剪刀差，抽取農民從事農業的大部分成果支持工業化，形成城鄉二元結構。這種結構造成的城鄉差異是：城市的工業化、市政建設獲得遠大於農村得到的資金和物資；城市職工的工資，遠多於農民的農耕收入；城市職工獲得醫療、退休保障等社會福利，農民卻一無所有，以致貧戶"有病無錢醫，重病只有等死"；城市居民不必承擔稅外的承擔，農民卻要負擔農業稅之外的攤派、工役。
二元結構必然導致身份歧視，農民不能享有平等的國民待遇，這是制度弊端之二。
在二元結構下，城市人與鄉下人是兩種截然不同的等級。農民深受戶籍管制之苦，不能到城市就業、居住，子女不能在城市念中小學，近幾年農民雖可進城干粗活，但許多城市對"民工"亂收費和歧視；城市職工可參加工會，農民卻不能組織農會；城市人與鄉下人的教育機會極不平等，前者可享義務教育，後者則要承擔中小學的辦學經費，城鄉學校設備、師資的差異和居民收入懸殊，使鄉下人受教育的機會少得多，入名校的困難更大。這種等級差異，意味農民及其子女未能享平等的國民待遇，卻要承受身份的歧視。
土霸橫行 難以脫貧
毛澤東的專政論，使鄉村政權成為監控農民的專政機構，許多鄉村幹部成為欺壓、盤剝農民的土霸。這是另一制度弊端。
八十年代經濟體制改革以後，官方不再強調毛澤東的階級鬥爭論，但並未放棄專政論，鄉村政權的實際職能是監控農民，向農民攤派負擔，不少幹部以權謀私，成為新興的地主和土霸。
在上列三種制度弊端之下，農民及其下幾代的教育素質很低，是必然的結果。教育水準低、現代科技引入農耕的程度低，使農民難以脫貧，個體農業前景黯淡。
七十年代末、八十年代初，改革家萬里、趙紫陽在鄉村試行包產到戶，獲得胡耀邦、鄧小平等支持，最終導致人民公社解體，這是農奴解放運動。八十年代中後期，鄉鎮企業的崛起，為農民提供了就業和增加收入的機會，但九十年代特別是中期之後，官方的攤派加重，貪污勒索猖獗，農民的農業經營和生活面對極大困難。
這幾年朱鎔基主持國務院，著墨點之一是緩和三農危機；費改稅的試點、城市化的戶籍管制的放鬆，有助於緩和三農危機。但更高領導層以"隱定壓倒一切"為由，未能很好正視三農危機和民疾，缺乏實施鄉村改革的決心和魄力。
歷代政治家和開明帝王，大都注重農民的休養生息。清代乾隆帝說："為治之道，在於休養生民，而民之所以休養，在乎去累民者，使其心寬自得，以各謀其生，各安其業。"
新一代領導人胡錦濤、溫家寶一再說"執政為民"。能否全面、切實解決三農危機，讓農民休養生息，是對"執政為民"承諾的考驗。
作者丁望：香港資深新聞出版工作者(文章僅代表作者個人立場和觀點)
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