《南方周末》的公开抗争告一段落，但社会公众的抗议活动仍在继续。体制内抗争的策略和意义引发争议。
《南方周末》事件引发社会抗议怒潮之后，当事编辑记者集体消声。知情人士对德国之声透露，网络传言新任广东省委提出主编辞职等解决方案基本属实。该报采编人员担心事件夸大化造成的不可控制的风险，不再抛头露面。但是，社会公众要求言论自由与宪政民主的呼声，并未就此停息。
据路透社1月9日报道，南周事件升温为社会公众抗议活动之后，广东省委书记胡春华亲自介入处理，政府相关部门与《南方周末》编辑达成了协议，现任主编黄灿辞职，不对宣布罢工抗议的记者秋后算帐，对内容审查也恢复到此前的状态。《南方周末》周四则会如期出刊。知情人士对德国之声透露说，此消息基本属实，但采编内部也有遗憾。遭到公众强烈抗议的宣传部长庹震是否调换工作，并没有确定的决定。
中共宣传部门对媒体的控制方式，通常是出版前予以方向指导和发布具体事件的禁令，出版后进行审查和评价，分别予以表扬、批评或惩罚。采编过程中，宣传部一般不会直接审读和修改每一篇文章，但也有例外。庹震自就任广东省委宣传部长之后，将此例外转化为常规，从而引发了此次抗争事件。
1月9日晚，《南方周末》评论编辑戴志勇发出微博说：“回家了。好久没上班到这么晚。”时事评论人莫之许分析说，“从戴志勇微博来看，正常出刊可期，如此则黄灿未遭该（改）换，甚至连社论都可能继续送（他们）审。”
抗议新闻审查的公众活动仍在继续
此次事件引发的公众声援与抗议，截至1月9日并没有停息。1月7日，人民日报下属《环球时报》发表评论《南方周末“致读者”实在令人深思》，为广东省委宣传部及中共新闻审查辩护。当日，全国各地主要媒体都接到宣传部通知，要求转载该文章。一些媒体拒绝转载，但是第二天再次收到强硬要求。1月9日凌晨，北京《新京报》采编团队对命令进行了激烈的抵制，传闻其社长戴自更对前往督办的北京市委宣传部领导提出口头辞职，再一次成为微博话题。多名《新京报》编辑记者的微博账号被禁言，但是声援《新京报》的声音仍在网络传播。
1月9日，香港大专新闻教育界发表声明，声援《南方周末》和《新京报 》。声明说，两宗事件进一步显示内地新闻审查机制和长官意志的丑陋，手法粗暴拙劣 ,挑战新闻界和知识分子底线，要求内地有关部门，公平、公开及公正调查《 南方周末 》事件，逐步撤销现行新闻审查制度 。
台湾及香港知名媒体人、作家和学者梁文道、陈冠中、钱永祥等发起，两岸三地及全球华人近300人签署声明，支持中国大陆新闻工作者反对言论控制的抗争，呼吁华人世界对中国大陆的政治社会变革投以更多关注，并期待华人各界与政府（尤其是台湾政府）更积极主动地促使中共当局保障公民的基本权利。
同一天还有香港记者协会、台湾新闻记者协会及澳门传媒工作者协会发表联合声明，要求内地政府以《南方周末》事件为鉴，逐步废除报刊审查制度，落实中国宪法定明的言论和出版自由。
南周事件引发的公众事件还能持续多久？
内地公民到广州市广州大道南方报业大楼前进行抗议的活动当日仍在继续。同时也有一些将《南方周末》称为“汉奸媒体”的“毛左”人士前往声援宣传部门对媒体的监管。
当局对参与抗议活动部分社会人士予以打压。知名维权律师滕彪1月9日透露，“因去现场声援南方周末的广州作家野渡，微博账号被删除，带回家被上岗，昨天下午3点到晚上10点更被以‘非法集会罪’传唤到广州市海珠区素社派出所共7个小时，期间海珠区国保和派出所警察进行了侮辱性的强制脱光衣服搜查。现在仍被限制出行自由。”另有消息称，多个网民声援南周后遭警方谈话，杭州民主人士声毛庆祥援后被指涉嫌“煽动颠覆”被带走，另有一人被抄家。
体制内抗争与独立精神
随着南方周末可能恢复正常出刊，人们也在开始思考此次抗议的意义。民主活动人士张大军认为，“如果南周、新京事件今天（1月9日）还没有搞定，可能会冲击中共刚形成的三巨头体制。宫廷政治翻手为云覆手为雨，深不可测，胡锡进、庹震甚至胡春华都可能是牺牲品，当然也可能是获利者。”
时评人贾葭则认为，“任何体制内的抗争，到最后的表述都会变成‘留得青山在，不怕没柴烧’的类犬儒话语。这不是嘲讽，这的确就是他们的策略。 因为总担心有什么可以失去，就无法彻底地抗争，直到再也没有什么可以失去的时候。离开体制的力量，体制内改革派就没有自己的力量了。人必须独立建立自己的力量，不依赖外界的力量，在自己的废墟上站立起来。”
