此次温州动车追撞事故的救援工作最受民众诟病，但中国铁道部28日对有关下令停止搜救、切割掩埋车头是为了销毁证据以及2岁小女童项炜伊是停止搜救后才发现的等一系列传闻，一概否认到底。国务院“7‧23”调查组组长、国家安监总局局长骆琳则为铁道部背书说，当时清理现场是根据现场救援的整体情况来推进的。
新京报报导，有记者问骆琳，“为了确保通车，不到20小时就停止搜救，有没有这样的事情？”
骆琳表示，清理现场是根据现场救援的整体情况来推进实施的，“实际上在救援的过程中，随著现场的清理还在不断推进相关的搜救工作，它俩是同步的”。这一说法实际上是在为铁道部否认下令停止搜救背书。但当局的说法再次遭到媒体记者驳斥。
而针对媒体质疑铁路部门在救援过程中“掩埋车头销毁证据”，铁道部28日也表示，此说“不属实”。未具名的铁道部官员28日仍维持过去说法，称在救援过程中，桥上有三节车厢挤压在一起，为使救援人员对中间一节受挤压变形严重的车厢进行彻底搜救，必须把两端车厢移开。按救援方案，要在桥下使用大吨位汽车吊，方能将两端车厢移开。据称，所有部件和车体绝没有实施掩埋，更不存在销毁证据的问题。
铁道部也否认24日曾宣布中止救援，并表示生命探测仪作用有限。一位同样未具名的官员说，当时前方指挥部要求所有救援者第一位的任务是救人，必须争分夺秒，绝不放弃，直到最后一刻。现场指挥部没有任何人宣布停止救援。
该官员说，正是现场抢险人员争分夺秒、一刻不停地施救，才为后来救出小女孩伊伊争取了宝贵时间。
然而多名当时在现场报导救援的记者，对此提出质疑。“南方电视台”编导徐静提供的当时视频显示，24日上午10时，一位救援人员对摄影镜头说，“现场的救援人员搜救已经结束，目前主要是清理现场”。徐静本人在微博上说，后来她多次询问过搜救人员，对方的答复就是，里面没人了。活的都救出去了！
而当天央视新闻频道的现场报导也说，“经过连续六轮的人员搜救，在凌晨4时左右，在没有生命体征现象之后，他们才开始决定要清理现场”。
