台湾最高检察署特侦组指称，前总统李登辉等人非法挪用公款779万美元，将依照贪污治罪条例、洗钱防制法予以起诉。
台湾最高检察署特侦组在起诉书中指出，李登辉身为国家元首应该作为全民表率，却不遵守国家法制，擅自将国安密帐剩余的公款779万美元，以洗钱方式挪为私用，事后还否认卸责，毫无悔意。
起诉书还指出，台湾综合研究院创办人刘泰英，涉嫌共同侵占公款，犯行明确，事后不知悔改，还矢口狡赖，品行恶劣。
国安密帐案是1998到1999年期间，当时被称为国民党大掌柜的刘泰英透过洗钱的方式，将奉天专案当中的台币2亿5千万公款挪为私用。
检方强调，刘泰英和李登辉关系非常密切，奉天专案基金是法定预算外的公款，如果要动支，必须经由总统同意，李登辉怎么会不知情？
检方还表示，李登辉所涉的刑责最轻10年、最高是无期徒刑，但是刑法也规定80岁以上的人可以减轻刑期。
李登辉办公室主任王燕军表示，李登辉在担任公职期间，一向都是公私分明，针对不实的指控，绝对会捍卫自己的清白。
台联党主席黄昆辉表示，李登辉对于自己被起诉感到非常惊讶，并认为这是马英九总统为了选举，利用司法手段处理政治议题。
他说：“这完全是马英九挟怨报复，肃清异己的举动，这可以看的很清楚，就是马英九控制司法，利用司法进行政治斗争。”
民进党主席蔡英文竞选办公室发言人徐佳青表示，这是发生在2000年之前的司法案件，民进党无法评论，但是希望特侦组秉持一致标准处理，不要因人设事。
民进党立委蔡煌琅质疑，国安密帐案查了那么久才起诉，是国民党为了选举所进行的政治追杀，是选举操作。
国民党立委吕学樟表示，如果涉及违法的事，纸也包不住火，只能依法查处，不过，案子发生这么久才起诉，证据是否还充足，相关单位应该详查。
国民党立委吴清池认为，检方一定是有确切的证据才会起诉，他不相信马英九总统会操弄司法，打击异己。
他说："台湾现在如果证据不足要随便起诉，很容易受到批评，尤其媒体作为第三势力的监督比民意代表更实在，要去操弄不大可能。"
台湾总统府发言人范姜泰基表示，一切尊重司法，总统府不会评论诉讼中的个案。
李登辉是继陈水扁之后，第2位被起诉的台湾前总统。
