毛泽东支持红卫兵高举“造反有理”的大旗，大破“四旧”（旧思想、旧文化、旧风俗、旧习惯）。一时间，红色恐怖笼罩全国。打、砸、抄、杀，成了“革命行动”。据《中国“左”祸》记载，无数的古文物被当作“四旧”毁坏，河南洛阳龙门石窟佛像的头被砍掉，北京颐和园佛香阁的释迦牟尼塑像也被砸碎了！外国修女被赶走，清真寺被封闭，古兰经被烧毁。北京1958年第一次文物普查中保存下来的6843处文物古迹中，1966年八九月间就被毁掉4922处。在红卫兵眼里，那些“封资修”代表人物就是活着的“四旧”。抄家，打骂凌辱，扫地出门，成了家常便饭。6月18日上午，北大生物、化学、中文等系的部分学生将40多个干部、教师抹黑脸、戴高帽、罚跪、扭打，校工作组奔赴现场加以制止。
6月20日，在北京主持工作的刘少奇以中央名义转发了北大关于“六一八”事件的简报，并加上按语：“中央认为，北大工作组处理乱斗现象的办法，是正确的、及时的……”毛泽东在武汉听说后，立即作了批示：“六一八”事件不是反革命事件而是革命事件。毛泽东否定刘少奇的意见的批示发出后，全国掀起了一股反对各级党委、残酷迫害各级干部，大搞打、砸、抢的浪潮。（引自《晚年毛泽东》）。年近八旬的书法家沈尹默六十多年珍藏的古今作品、古帖古书，全被烧毁。老画家刘海粟的家被抄24次，所有字画全部抄光。据不完全统计，仅北京市，在破“四旧”中，死在红卫兵手下的有一千多人。
7月28日，江青在一次会上说：“我们不提倡打人，但打人也没有什麽了不起嘛！”“好人打坏人，活该，坏人打好人，好人光荣，好人打好人，是误会，不打不相识。”8月下旬，公安部长谢富治对其下属说：“过去规定的东西，不管是国家的，还是公安机关的，不要受约束。”“群众打死人，我不赞成，但群众对坏人恨之入骨，我们劝阻不住，就不要勉强。”“民警要站在红卫兵一边……把五类分子的情况介绍给他们。”8月26日，北京大新县公安系统传达了谢部长的指示，民警闻风而动。不但给红卫兵提供“四类分子”的情况，还以“四类分子”的“不法行为”激励红卫兵对他们的仇恨。
从8月27日起，红卫兵在公安民警的配合下，对“四类分子”大开杀戒。仅仅三天，这个县13个公社、48个大队，被杀害的“四类分子”及其亲属有325人，被满门抄斩的有22户，其中年龄最大的80岁，最小的才出生38天。他们进而将其认定的所谓“黑七类”、“狗崽子”、“混蛋”的青年学生押进“劳教所”，施以“上吊试验”“火烧头发”“刀剁屁股”“开水洗澡”“打靶”“突刺”“扫堂腿”等惨绝人寰的酷刑。在“红色恐怖万岁！”的口号中有的被打死、烧死、勒死，有的被整成终生残疾。他们不但“革”活人的“命”，死人的“命”也“革”。北京定陵万历帝后的尸骨在“打倒保皇派”的口号声中被砸碎焚烧。山东武训墓被砸，开会审判其尸体后再将其焚毁。海南海瑞墓被砸烂，连看墓老人也被整死！《聊斋志异》的作者蒲松龄也遭劫，红卫兵砸碑掘坟，将其头盖骨抛露荒野，还从蒲氏后代家中搜出他所珍藏的书籍、字画、手稿，付之一炬！已故科学家朱洗生前曾反对消灭麻雀，也被砸碑掘坟、曝其尸骨！
我国“破四旧”的“红色恐怖”使太平洋彼岸的联合国都震惊了。8月1日，毛泽东却给清华附中的红卫兵写信说，你们的行动“说明对反动派造反有理。我向你们表示热烈的支持。”“我和我的革命战友都是采取同样态度的。不论在北京，在全国，在文化革命中，凡是同你们采取同样革命态度的人们，我们一律给予热烈的支持。”在接见红卫兵的大会上，他穿上军装套着“红卫兵”的袖章站在天安门楼上，向全世界表示他就是“红司令”。在红卫兵暴行节节上升之时，9月15日，毛泽东第三次接见红卫兵，林彪站在毛泽东身旁宣布：“红卫兵战士们……你们斗争的大方向，始终是正确的。毛主席和党中央支持你们！”“你们在大破‘四旧’、大立‘四新’的战斗中取得了光辉的成果……你们做得对，做得好！”谁都明白，这是一场有人领导、有人安排、有人支持、有人捧场的暴力行动。
但这才仅仅是开始。根据毛泽东的部署，这次运动的重点，是整“走资派”。据斯诺说，早在1965年1月25日，毛泽东就已下决心：刘少奇必须下台。陈显明写的《晚年毛泽东》也有同样的记述。1964年底到1965年初，在中共中央政治局会议上，毛泽东和刘少奇在“四清”（开始在农村开展的“清工分、清帐目、清仓库、清财物”，叫“小四清”，后来在城乡开展的“清思想、清政治、清组织、清经济”，叫“大四清”，又称“社教”——笔者）问题上发生了严重的意见分歧。毛泽东把刘少奇看作中国最大的“走资派”，睡在身边的赫鲁晓夫，下决心搬掉刘少奇。陈显明说，这场斗争是经过了长时间的酝酿后爆发的。党的八届十中全会后，刘少奇也积极抓阶级斗争，认为“三分之一的社队领导权不在我们手里”，组织了数百万干部到基层抓“四清”运动，并创造了“四清”运动的经验——即所谓“形左实右”的“桃源经验”：人人“洗澡”，个个“下楼”。——据我县党史记载，1964年11月县委集中部分县、区、公社干部到县城参加第一期“社教三干会”，到会1458人，大部分都受到批判斗争，127人被排为三四类，其中72人分别受到管制、劳教或党纪政纪处分。康乐公社的“四清”运动所取得的“成绩”更为“显著”：6人被判徒刑，13人被判管制，94人被戴上“反革命”帽子，40名党员和83名基层干部分别受到党纪政纪处分。——但他没像林彪那样所谓突出政治，突出毛泽东思想，突出毛泽东著作。这次会议讨论“四清”运动的性质问题时，刘少奇认为是“四清”和“四不清”的矛盾，既在党内，也在党外，既有敌我矛盾，又有人民内部矛盾，并且是相互交叉着。毛泽东在会上作了讲话，明确指出，这次运动的性质是解决社会主义与资本主义的矛盾，重点是整那些党内走资本主义道路的当权派。他在讲话中批评了刘少奇的提法，还批评北京有两个独立王国，显然是指刘邓主持的中央书记处和李富春等主持的国家计委。这等于告诉全党，在中央也有走资本主义道路的代表人物。刘少奇虽多次作了自我批评和检讨，但都没有争取到毛主席的谅解。后来，毛泽东对别人说，他在“四清”时已下决心要打倒刘少奇。1966年8月5日毛泽东写的《炮打司令部——我的一张大字报》，也提到了1964年那场斗争，再次证实了斯诺的说法。
文聿在《中国“左”祸》中说，《五一六通知》下发后，文革的烈火很快就燃烧起来，特别是聂元梓的大字报见报后，风潮来势汹汹。刘、邓飞往杭州，请毛泽东回京主持大局。毛泽东手一挥：“我暂不回京，由你们相机处理吧。”刘、邓急忙赶回北京，召集政治局常委扩大会议，进行紧张讨论，最后决定，根据历次群众性政治运动的做法，向各基层单位派驻工作组，指导文化大革命，恢复正常秩序。决定传给毛泽东，毛泽东回复表示同意。应该说，刘少奇一直是尽量揣摩毛泽东的意图、按传统的方式在北京主持工作的。但是，7月18日毛泽东突然回京，向刘少奇指出：“派工作组是错误的。”“运动犯了方向路线错误。”毛泽东利用陈伯达、江青等中央文革小组的人在学生中频频活动，以便在工作组问题上制造群众与刘少奇更严重的对立。8月1日，毛泽东亲自主持召开了八届十一次中央全会。在4日的会议上，毛很气愤地说：“牛鬼蛇神，在座的就有！”第二天，在中南海大院出现了毛泽东的大字报：《炮打司令部——我的一张大字报》，8月8日，中央全会接受了毛泽东的主张，通过了“关于无产阶级文化大革命的决定”（即“十六条”）。“十六条”规定：“在当前，我们的目的是斗垮走资本主义道路的当权派，批判资产阶级反动学术‘权威’，批判资产阶级和一切剥削阶级的意识形态。”“运动的重点，是整党内那些走资本主义道路的当权派。”毛泽东走到前台，指挥造反派把矛头直指“刘、邓司令部”。
毛泽东要利用个人崇拜打倒刘少奇，选择了“万岁不离口，语录不离手”的林彪作助手。未经全会选举，原来的几个副主席在媒体上再没提及，林彪却被宣布为唯一的副主席了。林彪也不负所望。1966年，在一片“打倒刘、邓、陶”的呼喊声中结束了。1967年元旦清晨，刘少奇住的院子里就出现了“打倒中国的赫鲁晓夫刘少奇！”“谁反对毛泽东思想绝没有好下场！”等大幅标语。1月6日傍晚，在江青一伙的策划下，刘少奇和王光美被诱出中南海，王光美被带到清华园批斗。13日深夜，毛泽东又假惺惺地派秘书接刘少奇到人民大会堂谈话，给以安抚。临别，毛还亲自把刘送到门口，客气地说：“好好学习，保重身体。”事过两个月毛泽东就在党的中央工作会议上宣布：刘少奇是“党内最大的走资本主义道路的当权派”，刘少奇的《论共产党员的修养》是欺人之作，是唯心论，是反马列主义的，是讲的孔孟之道。于是，在全国掀起了批斗刘、邓的恶浪。
8月5日，是毛泽东《炮打司令部》张贴一周年，《人民日报》登载了这张大字报的全文，并发表了《炮打司令部》的社论，号召“全国无产阶级革命派动员起来，集中火力，集中目标，进一步深入地、广泛地从政治上、思想上、理论上，对党内最大的一小撮走资本主义道路的当权派开展革命的大批判。”刘、邓、陶被关押起来，受尽了折磨。刘少奇举着宪法抗议，还抱着幻想给毛泽东写信：“我已失去自由。”毛泽东又是怎样回应的呢？十月下旬，毛泽东主持扩大的八届十二中全会，宣布刘少奇是一个埋藏在党内的叛徒、内奸、工贼，是罪恶累累的帝国主义、现代修正主义和国民党反动派的走狗，将刘少奇永远开除出党。对这一决定，只有中央委员陈少敏举手反对。在整彭德怀时紧跟毛泽东的刘少奇，何曾想到：时隔几年厄运就落到自己头上了！1962年刘少奇在“七千人大会”上的报告还在强调：“庐山会议之所以要开展反对彭德怀反党集团的斗争，是由于长期以来彭德怀在党内有一个小集团。他参加了高岗、饶漱石反党集团。在反对高饶集团的时候，没有把他提出来，他是高饶集团的余孽，是这个集团的主要成员，所以毛主席在庐山会议上说，到底是高饶联盟呢，还是彭高联盟呢？恐怕应该是彭高联盟，更主要的不是高岗利用彭德怀，而是彭德怀利用高岗。”（引自《晚年毛泽东》）。此时的刘少奇总该明白“欲加之罪，何患无辞”的内涵了吧？
1969年10月，林彪一伙又以战备疏散为名，要把病情危重的刘少奇赶出北京。林彪书面报告毛泽东，毛听后当即指示：烧掉。这一细节足可看出毛比林更老辣。他不能让后人从档案中查到他迫害一个只靠鼻饲维持性命的老人的片言只语。不过，毛泽东比林彪还是多一点人性。党的“九大”开后不久，林彪向毛泽东报告：判处刘少奇的遗孀王光美死刑立即执行。毛泽东批示：“刀下留人，要留活证据”。王光美能有今天，不能不感谢毛泽东的大慈大悲。邓小平被送进了远离北京的一个工厂软禁起来。在林彪、江青一伙的操纵下，社会上掀起了打倒“大土匪”“大军阀”“三反分子”贺龙的波涛。毛泽东虽一边安慰他：“你不要紧张，我对你是了解的。”但年已73岁又身患重病的贺龙被整得死去活来，毛却没有为他说一句活。贺龙那颗当年敌人出价10万大洋的头颅再也不值钱了，在1969年6月9日就被化为灰烬了。
彭德怀这只“死老虎”被毛泽东重新提起：“嘉靖皇帝罢了海瑞的官，1959年我们罢了彭德怀的官。彭德怀也是海瑞。”“高岗、饶漱石、彭德怀，是搞两面手法，彭德怀与他们勾结了”，“彭德怀发动的‘百团大战’是搞独立王国”。最高统帅发了话，自然就会有雷厉风行的行动。76岁的彭德怀被折磨死了！罗瑞卿从长征任保卫局长到解放后当公安部长，几十年来，都亲自负责毛泽东的安全保卫工作。为了毛泽东的安全，年近五旬的罗瑞卿还刻苦学会游泳。该算得上忠心耿耿了吧？毛泽东却在一份有关罗的报告上批示：“那些不相信突出政治，对于突出政治阳奉阴违，而自己另外散布一套折衷主义（即机会主义）的人们，大家应有所警惕。”林彪主持的一次会议遵照毛的批示，狠揭狠批罗的所谓“反党篡军的罪行”。罗瑞卿被整残了！1966年8月，72岁的傅连璋被整得路都走不动了，自己还弄不清楚是怎麽一回事。他写信向毛泽东求救：1934年我救过你的命，希望你现在也能救我一命。结果还是被整死了！
被整死整残的干部无法尽数。《中国“左”祸》中有一组统计数字，194名党的八届中委和候补中委中，除有病和死亡的31名外，有96名被加上“叛徒”“特务”“里通外国分子”等罪名受到迫害，占中委总数的58.9%（另据《文革史》记载，八届中委、候补中委193名，受迫害的占65%；中共八届监察委员会，60名委员、候补委员中，受迫害的占62%；全国人大常委会115名常委会委员，受迫害的占52%以上；全国政协159名政协委员中受迫害的占46%以上），中央、国家机关和地方副部（省）级以上干部被立案审查者达75%，他们遭到残酷斗争，无情打击，长期监禁。湖南长沙的造反派喊出的口号是：“炮轰九级（从刘、邓到生产队长）司令部！”被整死和被逼自杀的不计其数（据戴煌说，国家干部被立案审查的占总数的17.5%，没被立案审查的也难免要挨批斗，“火烧”，几乎无一幸免）。所谓“内人党”一案受诬陷者就达346000多人，其中16222人被迫害致死。所谓冀东“叛徒党”一案，受迫害的达84000多人，其中2955人被整死，763人致残。所谓“六十一人叛徒集团”一案，又衍生出31件“叛徒集团”案，涉案人数达数十万，大批干部被投入监狱。那时，此类“集团”案要多少有多少。当然，对“阶级敌人”都是绝不施半点仁慈的。公安部长谢富治紧跟毛主席的战略部署，喊出了“彻底砸烂公检法”的口号。
全国各地立即掀起狂潮。据不完全统计，各级公检法干警遭受打击迫害者达34400多人，其中被迫害致死者1100多人，被打伤致残者3600多人。以维护正常法律秩序为天职的公检法，居然被不正常的无序状态所吞没！各级政权瘫痪，毛泽东下令军队“支左”，1967年3月，数百万军人一夜之间取代了被打倒的干部。1969年中共九大后，军队将领几乎占政治局席位三分之二。由于中央文革王力等人提出了“揪军内一小撮”，文革中执掌大权的军人也有8万多人受到迫害，其中1169人被迫害致死。
