世界上关于转基因食品安全性的争论一直存在，即使是转基因技术发达的美国也没有批准主食的转基因商业化种植。但是中共农业部在2009年为中国人主食的大米发放了转基因商业化的许可，引来学者和网友的担忧。
2009年底，中共农业部批准了两种转基因水稻、一种转基因玉米的安全证书。这是中国首次为转基因水稻颁发安全证书，意味着全球最大的水稻生产和消费国──中国，将打开转基因水稻商业化种植的大门。
台湾联合报报导，中国科学院植物研究所研究员蒋高明介绍，转基因水稻是在水稻中引入抗虫基因，使得水稻能分泌一种BT毒蛋白物质，虫子食用后会被毒死，因而能够产生防虫效果。
蒋高明质疑，水稻是人类的主粮，昆虫无法下口，人类长期食用难道就没有害处吗？他认为，转基因至少存在三方面的不确定性：一、转基因对生命结构改变后的连锁反应说不准；二、转基因导致食物链潜在风险说不准；三、转基因污染、增殖、扩散及其清除途径说不准。
中南大学副教授孙锡良接受希望之声采访说，世界各国对转基因产品都很谨慎，必定要通过立法、专家和公开讨论后才能上市。
孙锡良：“所有的国家的转基因产品他必须要经过议会，而我们国家到目前为止只有国务院关于转基因方面一些所谓的条例，而且这个条例没有经过公开讨论。国务院在做这样的决策过程中有偷偷摸摸之嫌，目前所有的决定都是不合法的。”
孙锡良认为专家和商人为了赚钱，不会考虑到食用转基因食品存在不可预期的后果：“国内转基因方面的专家真正权威的只有一个唱反调的，基本上都是一边倒，为甚么呢？那里面的利益太大太大了。转基因科研投入相当大，你不赞成，你根本都拿不到钱，所谓的委员会那些专家大部分都有自己转基因相关的注册公司、商品化的那些东西，包括那些国外進口…这些利益链太大。”
孙锡良也表示，中国转基因的研究和市场化，都是极少数人做出的决定，欠缺教育性的宣传，模糊了转基因的危害，目前大量的转基因食品已经成为国人餐桌上的食物，民众的健康被漠视。
孙锡良：“东北大豆几乎沦陷了，本土的品种基本上都给打败了嘛！都是進口的大豆，我查了一下70% 是转基因的。实际上这些大豆到底流到哪里去了？進了中国社会以后是不可控的，用了这些转基因的产品，是非常危险，包括油菜、包括大豆、花生，很多其他的这些东西。在欧美他们的转基因产品管理很严的，一直有专门的、显眼的标志标到，可是我们在大陆他们没有做特别提醒。”
蒋高明在自己的博客中质疑农业部为甚么不公开批准转基因水稻商业化的细节。他说，因为在巨大的利益面前，谁也阻挡不住，就像我们的生态环境很难从根上得到改善一样，因为他们要的是GDP。
蒋高明认为，无论是藉助转基因，还是藉助剧毒农药控制害虫，都是治标不治本的措施。从长远看，只有用生态平衡的办法减少害虫、增加产量才是可持续的。
中共农业部开放转基因水稻，民众也表示会直接危及国家的粮食安全，大陆网民因此发起“反转基因主粮”的签名活动。
