1949年以后，知识分子遭遇到的最可怕的事情，并不是当局对他们的迫害，而是对他们的改造。或者说，改造乃是最大的迫害。如今生活在中国大陆的知识分子，或多或少地，都是经过改造后的知识怪胎。
"贫贱不移、威武不屈"是中国传统知识分子的道德准则，定下这个准则的孟子，开出的条件其实很低："得志，与民由之；不得志，独行其道。"或曰："穷则独善其身，达则兼善天下。"也就是说，知识分子要维护尊严，并不需要呐喊抗争，只要三缄其口就行了。如此卑微的要求，在古代社会基本都得到了满足。
中共对知识分子的改造就从此处着手：任何人都没有沉默的权利，否则就被冠以"死不改悔"的罪名。最厉害的是，迫你开口，又并不是让你分析辩解，而是自我羞辱。所谓"知识分子思想改造运动"，本身就是以自辱的方式开始的。且不说政权未立之时，毛泽东等人对知识分子尊敬有加，百般诓哄，政权初立，就立即翻脸，六亲不认，单说这个运动过程，分明是上面大计早定，却要让知识分子负荆请罪，由时任北京大学校长的马寅初配合唱双簧。
1951年9月，周恩来授意马寅初给他写了一封信，以十二位教授的名义，"敦请毛（泽东）主席、刘（少奇）副主席、周（恩来）总理、朱（德）总司令、董（必武）老、陈云主任、彭真市长、钱俊瑞教育部副部长、陆定一副主任和胡乔木先生为教师"。9月29日，经毛泽东批示，周恩来在中南海怀仁堂，向京津地区20所高校三千多名教师做报告，题为《关于知识分子的改造问题》，拉开了运动的序幕。
一个月以后，毛泽东在政协会议上定下了这场大型手术的方案："知识分子自我教育和自我改造"。随后，在威逼利诱之下，知识分子们开始写检查。很多人以为，蒙混一下就能过关，但是人性的弱点一旦发动，就会自我繁殖，不知所终。那些学贯中西、性情孤傲的知识分子，很快展开了一场自我羞辱的竞赛。
八十年代以后，在主流舆论中重获尊敬，甚至被奉为德高望重的大师们，如剧作家曹禺、社会学家费孝通、哲学家冯友兰、法学家雷洁琼、漫画家丰子恺、作曲家贺绿汀、美学家朱光潜、建筑学家梁思成、文学批评家吴宓等等，在那场运动中都纷纷自我丑化，或痛挖"思想上的脓疮"，或发现自己是"美帝国主义的工具"，或认为自己是"压榨劳动人民血汗的剥削者"。桥梁专家茅以升一口气给自己戴上自由主义、个人主义、官僚主义、温情主义等十三顶大帽子。物理学家周培源，则在《光明日报》上说自己"无耻地向美国物理界的学阀密立根请求工作机会，......是我一生历史上最可耻的一页"，"我要控诉我自己，控诉我这个丧失人民立场，甘心为美国刽子手作帮凶的所谓科学工作者......我愿意撕下我的假面具......清洗美帝文化侵略给我的余毒，下了决心重新做人"。
何以自轻自贱若此？乃缘于中共收拾他们的手法高妙。西方人说"洗脑"，听起来已经很形象很恐怖了，但是在中国还不够，全身上下都不留死角，谓之"洗澡"。作家杨绛以《洗澡》为题写了一部小说，借其中人物说："难听着呢！叫什么‘脱裤子，割尾巴！'女教师也叫她们脱裤子！？"并描述"洗澡胜状"：职位高的，校长院长之类，洗"大盆"，职位低的洗"小盆"，不大不小的洗"中盆"，全体大会是最大的"大盆"，人多就是水多，就是"澡盆"大，一般教授，只要洗个"小盆澡"，在本系洗。
设计精微但是言辞粗鄙，就是为了撕下知识分子的斯文面纱，让你觉得自己不是什么东西，然后自己打自己耳光。除此之外，还要迫你去"帮助"那些不肯对自己下重手的同行。比如被毛泽东斥为"从此我再不要见他"的哲学教授张东荪，多次检讨都未能过关，于是翦伯赞、雷洁琼、贾淑英和一干学生都被安排轮番上场，"揭穿投机政客张东荪的反动本质"。
民国时期忧国忧民的谦谦君子，到了新中国都被注射了政治狂犬病毒，先疯狂咬自己，再疯狂咬别人，经过随后的"胡风反革命集团案"之后，知识分子作为一个阶层的人格尊严，已经荡然无存。接踵而来的"反右"和"文革"的惨烈斗争，则为水到渠成，顺理成章。
在这两场炼狱中，以知识分子身份和灵魂坚持抗争者已不多见，大批文人学者，跟其他任何人一样，不过是在身体的存亡之间进行挣扎。曾经抄录过英国政治理论家柯亨语录"如有人要我在共产主义与法西斯主义二者之中选择其一，我就会觉得这无异于枪毙与绞刑"的张东荪，被送进了秦城监狱，曾经说过"自由在国民党是多少的问题，在共产党是有无的问题"的储安平失踪了，"不能忍受自己的思想被霸占，更不能让自己的灵魂被否定"的傅雷夫妇自杀了，质问"谁给了他们权力"的老舍跳湖了......，被抄家、捆绑、戴高帽、游街、吐唾沫、挨打，这些动摇基本人性的侮辱与损害，不仅让苟全性命于乱世的知识分子彻底丧失了开启民智、担当良知的功能，而且和未被开化的民众一起，成为掌握生死予夺大权的统治者手中的玩偶。学校教材中对于历史的篡改，八个样板戏对于文艺的垄断，"两报一刊"对于舆论的控制，都是知识分子听话合谋的结果。其中有不少人，还患上了"斯德哥尔摹综合症"，对迫害产生了依赖。
这就不难理解，为什么"文革"结束，思想或者身体的牢笼才刚刚打开一条缝隙，就听见皇恩浩荡、感激涕零的声音响彻神州。被成功改造的知识分子，以及被这些知识分子教育出来的新一代知识分子，虽然有深刻反思"文革"的冲动，但是既没有闯入思想禁区的勇气，也算闯入也无所建树了。"伤痕文学"也好，巴金的《随想录》也，尽管不乏揭示历史真相、唤醒麻木良知的价值，但是也未免沦为当局新政的脂粉。
八十年代的文化热中希望重现，然而跟改造前的知识分子思想相比，不过是一丝稀薄的微光而已，立即被"反资产阶级自由化"的黑云冲散。"六，四"镇压之后，生活在中国大陆的知识分子已成惊弓之鸟，或投笔从商，蝇营狗苟于物质世界；或埋首故纸堆中，美其名曰"思想家淡出，学问家凸显"。在此种境况中，学问大家钱锺书、季羡林等人获得至高荣誉，甚至成为道德楷模，不亦悲乎。
新一代知识分子不再需要被改造，而是从小就接受了共产主义洗礼，畸变成为基因，被期待长大以后又红又专。无奈时移世易，颜色迅速变得模糊。左顾右盼之后，他们中有不少人想要认祖归宗。然而回头的路布满荆棘，畸变的灵魂首鼠两端。早在五四时期都已经坦坦荡荡地谈过的民主自由，如今还在中国媒体上欲说还休。
