乌鲁木齐骚乱发生后，当局指所谓的暴徒大部分来自南疆地区，之后在南疆的和田、喀什等地区，加大搜捕力度。和田是新疆最南端的城市，在当地一位女士星期一告诉记者，和田局势严峻："有些（旅游）团被取消了，就是北疆还有乌鲁木齐那边的"。
和田一位市民接受记者查询时也证实，他们接到自治区旅游局下达的通知："去北疆暂时没团"。
记者：什么时候有啊？
市民：一个月以后吧。
记者：什么时候原因啊。
市民：现在社会挺乱的，不太安全。
记者：停了多久？
市民：就那天（7月5日）事件发生以后就没有了，现在新疆自治区就去那边（乌鲁木齐），不让发团。
世界维吾尔大会发言人迪里夏提表示，南疆的伊犁、喀什及和田，目前仍实施宵禁："现在南部地区的维吾尔人，被限制进入乌鲁木齐和北部，而且现在维吾尔人和维吾尔人之间这种自由的流动和沟通，包括旅游、包括沟通、经商、正常性的外出，全部被禁止了"。
迪里夏提还说，各地医院接到内部通知，受伤的维吾尔人前往就医时，医院必须在第一时间报警。
和田的一位市民表示："现在有很多安全方面的人，部队啊，部队人员天天在路上截查"。
记者：路上哨卡多吗？
市民：挺多的，部队的人在查。
据了解，南疆的最大城市喀什，其紧张局势与和田一样。当地市民告诉记者，当局主要查维吾尔人："喀什比较严峻，到处都是武警巡逻的，满街都是武警拿着枪巡逻，到哪里都检查，出去到城外旅游景点玩，有的设定卡子，要把车停下来检查一下身份证"。
记者：是不是主要查维吾尔人？
市民：对对对。
迪里夏提表示："现在最关键一个问题是政府想尽一切办法，将乌鲁木齐屠杀问题，想掩盖这个事实，避免南部和北部维吾尔人在这个问题上，能得到具体信息。因此现在政府采取各种方式，在封锁这方面的信息"。
乌鲁木齐骚乱发生两周后，官方首度证实骚乱前已收到相关情报，但对"暴徒"的残忍度估计不足。新疆自治区主席努尔‧白克力上周六接受外国传媒访问时表示，5 日下午和傍晚，政府在得知学生要游行的消息后，有关方面做了"精心的安排和部署"，做了严密防范并劝阻学生。他说，"但是我们没有想到，暴力犯罪分子会如此穷凶极恶，如此丧心病狂、惨绝人寰、灭绝人性，这一点确实‘没有估计到的'。"
早前有传闻指，新疆大学约两千名维族大学生上街游行，并有学生在骚乱中被打死。中新社上周二引述新疆大学党委书记张先亮表示，没有学生与暴力事件有关，只有"极少数"学生被不法分子引诱、裹挟进去，经过甄别，没有参与打砸抢烧活动的都被放了回来。不过，他没有说有多少大学生没有放，及多少大学生，参与了游行，该篇报导，目前已被中新网和新疆新闻网删除。
香港苹果日报星期一发表李平的评论说，新疆大学校方声称学生对党和政府的工作持正面评价、对国家未来发展怀有期待和信心，但为什么近年一直有优秀的维族大学生，被当局指为极端势力的伊扎布特等组织策反？据《中国新闻周刊》报道，现任世维会秘书长多里坤．艾沙、东突解放组织主席买买提明．艾孜来提等，都曾是新大学生；中国公安部首批认定的 11名恐怖分子，有 3人毕业于新大。而被当局指为世维会骨干、 5月曾潜回新大演讲及煽动的艾尔肯．斯科瑞安迪克，更曾任新疆大学学生会副主席、新疆自治区学联主席、全国学联副主席。评论说，让一些维族优秀大学生、学者走上与中国当局对抗道路的，有极端势力收买的因素，更有当局的民族政策、宗教政策令他们心寒的原因，
而新疆自治区人大正在加快反分裂地方立法。迪里夏提认为："中国政府是为自己军事镇压，谋求一个合法途径，同时利用反分裂法，继续篡改维吾尔人的历史，剥夺维吾尔人行驶和平结社，表达不同观点的权利"。
