作爲北京 60 年来到台的最高级别正式代表，海协会长陈云林这趟到访的本身被视爲具历史性义意，而陈云林也受到执政党高规格的欢迎，与反对党激烈的抗议。
海协会以“软调”的方式回应这些抗议活动，台湾警方则全力制止抗议民衆。在两会强调两岸和解的同时，台湾社会的分裂也正在扩大。
政治软调
对于『海协会』首度踏上台湾土地进行协商，两会领导人同声表示这是历史性的一步，这样的说法标志出了到访本身的政治意义。虽然按海协会的说法，这次到台不涉及两岸与岛内政治议题协商。不过对于两岸间的政治话题，『海协会』还是在记者的提问下作出了一些响应。
针对台湾加入世卫组织一事，海协会副会长「郑立中」说，了解台湾民衆对参与国际活动问题的感受，他相信在双方共同努力创造条件下，通过两岸进行协商，这些问题一定会找到解决的办法。
郑立中这样的回答调性明显放软，北京对此一问题过去一贯的标准回答是：“台湾是中国的一部份，没有资格参加以国家爲主体的联合国附随组织。”
这种刻意软调的一面，在陈云林访台前就已展现，他在出发前在北京找来台湾的记者，说了一段他在福建与一群台湾民衆会面的经过，说这段话时陈云林语带哽咽。
民衆抗议
陈云林在台期间遭到各路民衆的抗议，虽然在警方强力清场下，海协会代表团并未与抗议民衆正面遭遇，但陈云林说他听到了，也看到了这些抗议的声音，而且在到台湾前也对此作好了思想准备。
而海协会副会长郑立中在回记者相关提问时，则表示这次两会签署的四项协议涉及家万户，台湾多数民衆理解支持，对他们抗议的是“少数人”。 他说这些少数民衆因爲“不理解”，而参与了个别党派组织的对抗性活动，只是“暂时”的现象。他并表示，由衷的欢迎这些民衆到中国大陆多走走，多看看、多交流，这些隔阂与误会都会消除。
海协会在同海基会签署了四项协议後，双方互赠礼物标志两岸合作双赢，但是在这种两岸政府和解气氛，以及海协会软调的讲话下，台湾内部也因爲这次陈云林的到访，而扩大了分裂。
警方动用 7000 名以上警力的维安，对于抗议陈云林人士亳不手软，这固然维持了两会台北协商表面上的和谐，但也引起衆多争议。
流亡在台的西藏人，是这次陈云林到台时抗议群衆之一，他们在陈云林下塌的圆山饭店外，高举着标志西藏独立的“雪山狮子旗”开车绕行，旗子遭到警方拉扯人也被警方驱离，这些藏人召开记者会希望台湾能支持他们的运动。有藏独人士对台湾媒体说，警方在陈云林到台前，即到他的住处提出警告，要他不要向陈云林进行抗议活动。
警方干预
警方表示，架走抗议人士是爲了因爲他们没有合法集会游行权，不过这些人士往往在实际抗议行动前即被警方架走，这固然事先阻止了陈云林可能遭遇难堪面，但也涉及了言论自由与行动自由的争议。
以周二发生的一起冲突事件来说，陈云林在台北接受国民党荣誉主席连战宴请时，酒店附近一家“唱片行”播放台独人士聚会时经常播放的歌诵台湾的唱片，门口聚集了支持台独群衆，但大批警察冲入唱片行，制止音乐播放并强行拉下唱片行大门。
民进党立委在说起这起事件时激动落泪，因爲警方的行爲让他们想起了台湾解严前，当局对主张台独人士的压制，他们痛批执政的国民党，因爲陈云林的到访而使台湾重回戒严时代的警察国家。
对中国应采取何种态度，一直是台湾内部政治上无法取得共识的议题。而警方架走身穿台独标语服装人士，扯下台独人士手中的“国旗”，但一群拿着“五星旗”迎接陈云林到访的民衆却安然无事，这样的画面经电子媒体的传播，也加深了独派民衆的愤怒。
无论是陈云林的讲话与郑立中对抗议民衆的喊话，虽然基本上维持软调，但是民衆抗议的主题，不管是台独，藏独，或是法轮功，都是被北京视爲禁忌的政治议题。这些主张是否能像郑立中期待的，以通过到中国大陆各地参访来化解，存在疑问。
