联合国人权理事会每年于3－4月间在瑞士日内瓦召开的例定大会，其年度报告则记录了各人权机制及特派专员们过去一年中所接收到的人权侵权个案对侵犯人权的政府所做的质询，以及回覆和解释。这些年度报告直接就是对各国政府人权状况的评分。
随着国际社会对中共迫害法轮功问题给予的关注与日俱增。在2007、2008连续两年的人权大会年度报告中，收录了更多中共对法轮功迫害的个案，记述也更加详细。
虽然对于别的国家提出的质询，中共当局从不承认对法轮功学员有过任何人身伤害，但在对一些联合紧急质询的答覆中，不得不承认包括警察对两位女性法轮功学员实施强奸等事实。
2001年以来，"法轮功人权"帮助遭到迫害的法轮功学员递交的多起个案案例得到联合国相关机构和人员的高度关注。中共的迫害丑事也更多的在全球曝光。
年度报告重点关注的严重案例
** （联合国"宗教信仰自由"特派专员与"酷刑问题"特派专员、"针对妇女暴力"特派专员于2005年12月29日所作的联合紧急质询）根据接获信息， 2005年11月24日晚，一位51岁的女性法轮功学员被警察绑架，她的家被抄，法轮功资料被搜走。她被带到河北省涿州市东城坊派出所，在那里她被拷问、殴打、电击。
约在2005年11月25日下午2：00左右，一个警察把她带到一个房间里对其进行猥亵，并用电棍电击她的乳房。另一个警察进入房间强奸了她，强奸过程中还遭到殴打。
随后该警察又带进另一名42岁的女性将其强奸。
两起强奸过程中都有另一名警察在场，而他并没有作出任何阻止。
（注：中共当局对此联合紧急质询的答覆中，承认了两位女性法轮功学员被强奸的事实。而对于别的国家提出的质询，中共从不承认对法轮功学员有过任何人身伤害）
**（联合国"宗教信仰自由"特派专员与"酷刑问题"特派专员、"拐卖人口、尤其是妇女儿童"特派专员于2006年8月11日所作的联合紧急质询）根据申诉，在中国境内大量地区内的大批法轮功学员被强迫进行活体器官摘除，以用于商业目的。
自2001年开始，辽宁省沈阳市苏家屯医院系统化的活体摘除法轮功学员的心、肝、肾、眼角膜等重要器官。法轮功学员被注射针剂以引起心力衰竭，然后在摘取器官的过程中被杀死或随后杀死。
从不同地区的羁押系统的官员收集的信息显示：法院也被利用作为有组织化活体摘除法轮功学员器官的工具。
即便依中国卫生部副部长黄杰夫2005年陈述，中国的死刑犯人相当一部份捐献了他们的器官；但是，中国的器官移植数量远远大于这种可辨识器官来源的移植数量。
而且，其广告中所宣称的极短的等待时间显示了电脑化匹配系统和数量庞大的活体器官源的存在。
而2000年后中国的器官移植手术暴增，这种和对法轮功的迫害在时间上的一致，使得对法轮功学员的大面积活摘器官成为上述实际移植数量远大于可辨识器官来源的移植数量这一矛盾获的最有效的解释。
证据显示，至少截至2006年4月中国的器官移植的价目表一直在网络上公开。
根据2006年3月报导，中国已立法来禁止人体器官买卖，并要求捐赠者出具书面许可，同时将可执行器官移植手术的医院予以限定。该法律于2006年7月1日实施。中国政府据此宣布：人体器官买卖在中国已被禁止。
但根据信息来源，截至本报告拟定时间（2007年3月8日），中国政府一直允许人体器官买卖，一直未要求移植手术必须具有捐赠者的书面认可，一直未对可执行器官移植手术的医院进行限定，一直未要求执行手术的机构验证器官来源，也一直未成立移植伦理委员会来事先批准移植手术。
**（联合国"宗教信仰自由"特派专员与"任意拘禁"工作组首席特派专员、"酷刑问题"特派专员于2006年12月1日所作的联合紧急质询）据投诉，吉林法轮功学员张宏伟于2001年在北京被捕，被判11年有期徒刑。
张宏伟后来被转移到长春市铁北监狱。他在那里进行了53天的绝食抗议，随后于2002年3月被转至吉林监狱。他被关"独居"两年零五个月，并被虐待。
2006年初，张先生被诊断患上了III型肺结核，胸内积水。
2006年3月他又被诊断患上了胸膜炎、高血压和心脏病。他被转至监狱医院后，却仍在那里被狱警虐待。
家人多次要求保外就医并查看X光透视图，均被拒绝。甚至，家人被拒绝与其会面。
**（联合国"宗教信仰自由"特派专员与"任意拘禁"工作组首席特派专员所作的联合紧急质询）据接获信息，法轮功学员曹东，于2006年5月21日在北京会见了欧洲议会副主席爱德华·麦克米兰-斯考特先生（Mr. Edward McMillan-Scott）。此次会面后，他即被逮捕，并被关押在甘肃省国安局看守所。
目前他的关押地点尚不知，家人被禁止与其会面。
甘肃当地政府通知其家人说他即将被审。此前曹东曾因为修炼法轮功被行政拘留。
收录中共对法轮功迫害个案更多，记述也更加详细
在2007年联合国人权大会年度报告中记述，已将针对以下个案的质询发送中国政府：
**（联合国"宗教信仰自由"特派专员与"针对妇女暴力"特派专员于2005年9月13日所作的联合紧急质询）2002年5月21日，居住在中国辽宁省沈阳市铁西区的任淑杰女士（42岁）因修炼法轮功被警察非法抓捕。她随后被判3年"劳动教养"，被关押在龙山教养院，期间未经任何合法的审理和辩护。
任淑杰进行了64天抗议性绝食，绝食期间被虐待，并被迫超强劳动每天15小时。绝食结束后，她依然被折磨，并被看守（特派专员知道他的名字）施以电刑。
2004年3月22日，她被转送到马三家教养院，持续三个月被迫睡在水泥地上。她于2004年12月24日被释放时，已经极度虚弱，体重由原来的60公斤降至40公斤。
关押期间她所作的几次申诉无一被回覆。
**（联合国"宗教信仰自由"特派专员与"针对妇女暴力"特派专员于2005年9月13日所作的联合紧急质询）2000年1月21日，居住在山东省潍坊市军埠口镇杨家庄村的刘云香女士（32岁），因修炼法轮功被警察非法抓捕。其间她被警察及其他犯人殴打。
被关押期间，刘云香被强迫咒骂法轮功创始人，并被强迫抽烟和喝酒（这都是违反法轮功修炼准则的）。因迫害过重，怀孕的刘云香流产。
在交了罚款后，刘云香被释放。2001年夏天她再次因为修炼法轮功被捕，并遭受电击。结果，她再次流产。
在被折磨20天后，她被送至一家看守所，并被关押一个月。
**（联合国"宗教信仰自由"特派专员与"酷刑问题"特派专员于2006年8月31日所作的联合紧急质询）根据申诉，法轮功学员卜东伟（又名David Bu），于2006年5月19日在北京海淀区的家中被拘捕。
2006年6月19日，他因为修炼法轮功被判两年半"劳动教养"。尽管其家人多次要求，警方拒绝透露其被关押的准确地点。
不确定消息显示，他可能已于2006年8月21日被转至北京团河劳教所。家人忧虑其正遭受虐待。
此前他还曾遭受10个月的"劳动教养"折磨，在北京团河劳教所被反覆殴打、剥夺睡眠、强迫终日坐在小椅子上。
针对中共对法轮功的迫害政策批评更为明确、激烈
在2008年年度报告中，"宗教信仰自由"特派专员阿斯玛·加罕戈尔（Asma Jahangir）再次重点突出了中国河北省两名老年女性法轮功学员被强奸案，并指出：
"妇女和被关押人员都是处在特别明显的弱势地位上的，保证国家立法和行政系统能够对受害人提供足够的保护和有效治疗是极其重要的。报导称，这两起强奸案过程中都有另一名警察在场，该警察未予任何干预和制止；如能就此提供更详实信息，特派专员将表示感谢。"
该特派专员在2008年度报告中再次就如何定义"邪教"问题作出明确评述："裁定或审查宗教信仰......不属于任何国家的或任何其他团体或社群的职权范围。"
该年度报告由此引述了先前的人权委员会成员拉色林·希根斯（Rosalyn Higgins）的一段话以加强说服力："坚决反对认为国家有权裁定是否是真正的宗教信仰这种观点。一种宗教的教义应由信仰者自己去界定。......"
在2008年度报告中，"宗教信仰自由"特派专员尤其以强调性的语言明确、反覆表达："对中国的法轮功修炼者所遭受的宗教信仰自由方面的持续性侵犯表示高度关注"。
在2007年联合国人权理事会年度报告中，"酷刑问题"特派专员曼弗雷德·诺瓦克（Manfred Nowak）就其在中国为期近两周（2005年11月20日至2005年12月2日）的实地考察作的报告指出：
"以通过强迫性‘再教育'、羞辱、惩罚来迫使被关押人员承认有罪、并以摧毁其意志的高压强度来改变其人格，进而剥夺和平自由的表达、集会和宗教的权利，都是对诚实、尊严、慈爱这些人权的最核心内涵的践踏；这种可导致屈服和‘恐惧文化'的残忍的、羞辱性的惩罚，都是与任何基于人权文化的民主社会的核心价值所绝不相容的。"
该报告内容被广泛引用。
许多联合国特派专员在自己权限范围内就一些个案向中共政府提出质询，中共政权迫于强大的国际压力不得不对这些受迫害的法轮功学员作出待遇上的改善，甚至予以释放。
据法轮大法信息中心6月15日报导，自1999年7月20日以来，前国家主席江泽民动用国家机器对一亿遵从"真善忍"准则做好人的法轮功学员进行了残暴的镇压，数百万人遭无端逮捕刑求，数十万人被非法劳教，数几千人被关进精神病院强行注射损害神经的药物，妇女遭到强迫堕胎、轮奸等非人折磨，至今已有 3,163人被确认折磨至死。
