明末局势
1644 年的中国正是明、清交替。历史舞台上有三位主角：明朝皇帝朱由检、农民起义军闯王李自成、清朝的摄政王多尔衮，或许还应加上一位，明朝的辽东总兵吴三桂。其实，还有一位主角一直为人们忽略：小小老鼠。
1644 年农历 3 月 15 日，闯王李自成率『大顺军』，抵达北京城北郊的居庸关；这里是北京城的最後一道天险，然而关隘却无人防守，明朝总兵唐通出降。3 月 16 日大顺军到昌平，昌平的巡抚『何谦』逃走，总兵『李守荣』自缢，大顺军乘势焚毁了明“十二陵”的享殿！17日，他们已经到达了“阜成门”外，将北京城包围。
这时的李自成，令一位投降了自己的明朝太监『杜勋』入城，要与崇祯皇帝『朱由检』谈判。在 17 日的夜里，杜勋向北京城头用箭射了一封信，说明他要见皇帝，太监『王承恩』将他用绳子系了上来。杜勋告诉崇祯帝，李自成开出的条件是：割西北疆土给他另立为王，此後他将不奉诏不入觐，另外，再给银两 100 万两犒军，他就可以暂退河南。
接下来发生的事人人皆知：李自成的队伍势如破竹，在 3 月 18 日攻破北京城，朱由检仓皇出逃，在故宫後的景山吊死在一棵老槐树上。
历史在此留下了疑团：以李自成的实力，打败眼前的明朝军队已经根本不是问题，又何必开出“西北王”的谈判条件？如果朱由检真的答应了他的条件，他还真退兵不成？
就在李自成进军北京的路上，2 月里，他曾在『宁武关』与明朝军队有过一场激战。那一仗，明朝守军不过“几千”人，李自成的人马有“几十万”，但明军守将『周遇吉』拼死抵抗，大顺军还曾经中了明军的计，一下子折损几千人！最後李自成用人海战术，前仆後继以数万人的代价才拿下宁武。
惨胜之後李自成心有余悸，前面的关隘还有很多，都这样打还受得了？不如先班师回西安吧。不料就在他们想退之时，忽然又收到明朝大同和宣府的总兵的降表，於是又改变计划，决定继续向北京进发。
或许也可以这样推论，连李自成自己都没想到，北京城拿下得如此轻易，他在宁武关遇到的只是一员总兵官的部队，那麽防守京城的，岂不是明朝最精锐的御林军？
“老鼠”消灭了明朝
然而，1644 年 3 月李自成所面对的北京，实际已是一座“疫病”蹂躏的鬼城。後人在讲到明末清初，改朝换代的这段历史时，往往都注重讲政治大势、军事攻防，历史学家们很少有人关注到，这场发生在崇祯 16 年(1643年)，北京城的惨烈大疫。
1997 年上海交通大学历史系「曹树基」教授，在他的论文─《鼠疫流行与华北社会的变迁》中，提出了明末『华北地区』流行的大疫实际就是“鼠疫”！在 2006 年他与李玉尚合写的《鼠疫：战争与和平》一书中，又对此观点进行完善补充，明确提出：【老鼠‘消灭’了明朝】。
曹树基的史料根据，大部分来自华北一带清朝末年的地方志，这场大疫是从崇祯 6 年，到崇祯 17 年间流行，发源地大致在山西的『兴县』、然後到『大同』、再到『潞安』；接着，“鼠疫”传到陕西的『榆林』等地。
崇祯 14 年时，大疫传到河北『大名府』、『顺天府』等地，那里的地方志上，都有：【瘟疫，人死大半。互相杀食】的记载，崇祯 16 年，也就是北京城破的前一年，北京也发生大疫。
为何判定北京的这场大疫是“鼠疫”？曹树基查到的地方志记载，和明人当时的笔记，人们称这场大疫为：“疙瘩瘟”、“疙疽病”！这实际是对“腺鼠疫”患者淋巴结肿大的称呼，而当时的传染性之烈：【死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收敛者。】
有一个叫「吴彦升」的官员，刚准备去温州赴任，他的一个仆人死了，他命另一仆人去棺材店买棺材，久久不见回来，竟然死在棺材店里！有一对新婚夫妇婚礼之後，夫妇坐於帐中很久没有出来，打开帐子一看，夫妇两人死於床的两头，只有“鼠疫”才能有如此烈性威力！这场鼠疫，发生在北京城破前一年的 2 月到 9 月。
台湾的着名明史专家「邱仲麟」，2004 年在《明代北京的瘟疫及帝国医疗体系的应变》一文中，对北京的这场“大鼠疫”有更详细的描述！到崇祯 16 年 4 月时，北京每天死人上万，以至於城门都被运出的棺材堵塞。
沿街的小户居民，十之五六死去，死在“门口”的最多，街头连玩耍的孩子都没有了。有一个统计数字，这场大疫夺走 20 万北京人的性命，而北京城当时的人口，估计在 80 万到 100 万，也就是说，每四到五个北京人中就死掉一人，堪称是一场“超级大瘟疫”！
邱仲麟写道：【当时的北京城里，盛传种种白衣人勾魂的流言，一到晚上民间整夜敲击“铜铁器”驱鬼，声达九重官方也没法制止... 】
这时候，政府还能做点什麽？当时的皇帝似乎已经顾不上这事，虽然在崇祯 16 年 2 月疫情就爆发了，直到了 7 月，驸马「巩永革」上书说，请皇帝：【轸念孓遗，亟赐拯救】，这时明朝才下了一道谕旨，拨银两万两，令五城“巡城御史”收埋死尸，再拨一千两银子给“太医院”医治病民；然而病人死人太多，这点银子根本不够用。
即使贵为宫廷官宦，也不能幸免鼠疫的肆虐，当时有位叫「张真人」的法师来北京，刚出宫不久就被皇帝叫了回去，命他施咒诵经来驱逐病魔，但死亡的人仍不见少；开始宫中每死一人，还能得到四千钱的抚恤，後来，连这个钱也没了。
可想像这时驻在北京的“明朝军队”，怎能幸免於瘟疫？邱仲麟写道：【当时在北京的明朝军队，名义上说有十来万，大疫过後少了一半。】
明朝遗民「张怡」的说法，当时李自成的队伍杀过来时，能上京城城墙上防守的军人，连一万人都凑不齐！明朝的军队，驻京城部队吃空额的现像由来已久，也就是说，原来到军队发饷的时候，还可以叫许多百姓来顶替领饷，但现在百姓死得人太多，连顶替点名的人手也找不齐了！
不但是士兵、小贩丶雇工大批“倒毙”，北京城连“叫花子”都找不到了！当时的守城将官低声下气求人来守城：【逾五六日尚未集】。朱由检下令让太监三、四千人上了城墙，到了李自成兵临城下时，北京内城上 5 个城垛才有 1 个士兵，而且都是老弱病残：【鸠形鹄面，充数而已】。
3 月 17 日李自成已经到了『西直门』时，京城还没什麽像样的防御，士兵们每天只有百余文钱去买粥充饥，怎能抵挡的住？当时的明朝军队打仗时，士兵躺在地上不肯动，军官：【鞭一人则一人起】，可是这个起了那个又趴下，说他们是军心涣散也罢，全无斗志也罢，或许：这都是一群半死的病人！
「邱仲麟」在这里也同意「曹树基」的看法：【崇祯 16 年的“大鼠疫”，间接造成了北京的沦陷与灭亡！】。
战争与病菌
但是这里仍有疑问，首先就是，李自成的队伍攻进一个大疫之城，他们难道不会被传染？下一个问题就是，那麽清军呢？李自成仅仅在北京呆了 42 天，接着是另一波改朝换代，清人进来在北京建都，他们不会感染上大疫？
曹树基对此的解释是：李自成进城的时刻恰逢其时，北京的“腺鼠疫”已经基本平息，而“肺鼠疫”，因为天气“转暖”还没能流行开来。
这里要解释一下“腺鼠疫”与“肺鼠疫”！鼠疫是一种由老鼠传染的烈性传染病，具体说，是由老鼠身上所带的“跳蚤”，将鼠疫杆菌传染给了人，这是“腺鼠疫”！腺鼠疫的特征：就是“淋巴结”肿大溃烂。
而“肺鼠疫”，常常是由 ─ 腺鼠疫转化而来，表现为：“剧烈胸痛”、“咳嗽”、“吐血”！肺鼠疫的厉害，在於它是人与人之间的传染，已经不需要老鼠作为中介，类似 SARS；但是肺鼠疫的流行一般都是在“冬天”，需要在气温低的条件下。
曹树基：【每一种疾病，有每一种疾病的机理，腺鼠疫的流行，到了老鼠和人都死到一定程度时，它就会平息下来！这个时候李自成来了，如果李自成早几个月进来，他们也会被鼠疫消灭掉，不过到最终清军还会进来，这个大趋势不会变，历史的演变真是非常有意思。】
在这个 1644 年的春天，李自成进北京又退出北京的前後，从曹树基研究的史料上看，在天津及南方继续流行鼠疫，疫区一直伸延到了『苏州』、『杭州』；从症状的描述来看，既有“腺鼠疫”又有“肺鼠疫”。
有人说李自成的部队，後来与吴三桂、及清军的决战之所以大败，就是因为在北京已经感染了“鼠疫”，丧失了战斗力，到後来，李自成屡战屡败一溃千里，就是这个原因！而清军，占领北京後又迟迟不南下，听凭南明建立流亡政府抵抗，也是这个原因。
对此，曹树基并不敢认同：【李自成进北京後，应该鼠疫对战争是没有直接的影响了，後来发生的那些都属於政治史了。至少从史料上来说，没有李自成、及其部将士兵染病的记载。】，【这一点确实比较诡异！从历史记载上看，李自成的部队经过的地方，都变成了疫区发生了大疫，但确实没有李自成部队受感染的记录。】
关於战争与疾病的因果关系，曹树基的合作者「李玉尚」曾写过一篇论文，讲述太平天国战争时，“霍乱”的流行，怎样对这场战争发生影响。
在同治元年 7 月，太平天国战争已经到了决战时刻！清军一方，「曾国藩」的部队本来形势大好，以为可以一举拿下『南京』。不想一场凶猛霍乱使得【士卒十丧四五】，死去的人数以万计，有时军中病人，连侍候服药的人都没有了。
李玉尚：【这正是太平天国大举反攻的好时候！可是，霍乱同样也袭击了他们的军营，使得他们也无力进攻。这样战争进入了僵持，本来预计马上会结束的战争，又拖延了三年。】 这是最典型的疾病，直接影响战争的事例！而李玉尚的论文和结论，最有说服力的证据，是来自「曾国藩」的书信。
人与鼠：战争与和平
但是事情还没有完，鼠疫最初是怎麽发生的？为什麽明末的几场大鼠疫，都是从『山西』开始的？曹树基开始注意到，自明清以来，『山西』长城口外地区的自然环境，发生了巨大的变化，也就是说从这时候开始，有大量的“汉人”迁入，大片原来的牧场被开垦成农田，这里的“生态”环境变了。
历史记载大批汉人进入塞外，是在明嘉靖年间(1533-1534)，大同边卫发生变乱，许多汉人逃往口外投奔『蒙古』俺答；他们还大肆招徕汉族逃民在那里耕田，也有记载说蒙古俺答，也从内地虏掠汉人过去从事农活。
在草原上生活着大量的老鼠，它们中也会有携带鼠疫杆菌的病鼠，曹树基说：【但是只要带菌老鼠的种群，小到不足以传染流行就没关系，在草原上一般就是这个情况。】但是，如果大量的人过去，改变了这种关系情况就不同了！这时，人与鼠接触的机会就大大增加，特别是在发生“旱灾”的情况下。
据鼠类专家的研究，一旦发生“旱灾”老鼠会到处去找食物，其中不少就窜到了人类的集中居住地！而因为它们吃不饱，会导致体质变弱，这时它们身上带的“跳蚤”会格外多，乾旱使鼠洞内“温度”相对升高，又促进了“鼠疫杆菌”在跳蚤体内的繁殖。
这时的老鼠对人就相当危险了，可是恰恰这时受了旱灾的饥民们，偏偏要到处找“老鼠”！他们需要刨鼠洞里的粮食充饥。可以想见这时人们带回家的，不仅仅是老鼠们存下的粮食，更有老鼠们身上的跳蚤丶和跳蚤们所带的“鼠疫杆菌”！
查一查明朝末年的历史记录，关於灾荒特别是“旱灾”的记录触目惊心：万历 10 年、15 年、45 年，都曾发生瘟疫，也都是大旱之年，崇祯 14 年之後，是连续 4 年的大旱，瘟疫也一直延续到明朝的灭亡之後。
旱灾发生後灾民们会四散逃荒，使得瘟疫也随之“四处”扩散，一旦旱灾、瘟疫和战争同时出现的时候——这正是“明朝”末年的情形，这个社会就开始崩溃了。
如果没有战事，或许明朝政府还可以集中精力去应付灾荒。但明朝末年的时候，明朝面临着强大的外敌入侵，为了应付『辽东』防务的沉重负担，於是加紧对社会摊派苛捐杂税，这又导致社会矛盾激化，激起一轮又一轮的民变；“战争”，又导致灾荒和疫病的後果成倍扩大，无法收拾。
1644 年一年中，中国出现了三个皇帝，北京人有四分之一被“鼠疫”夺去生命！而据曹树基估计，明末的崇祯年间，死於鼠疫流行核心区即『山西』、『直隶』、『河南』三省北部的疫死人口，要占到这三个省总人口的三分之一！
灾荒、疫病、战争，1640 年代的中国，这几种因素相互影响、相互作用，使得神州大地生灵涂炭、山河破碎！据学者统计，明清易代之际因非正常死亡，中国的人口减少了约四、五千万。
中国灾难史
远古时期至周朝以前，那时又正值地质史上，最近一次“冰河期”的结束。大地回暖气候湿润地形复杂，江河无水路百川无堤防，沼泽无障碍，故遇暴雨洪水横流泛滥成灾！因为文字还处在“甲骨文”时期，和汉字成形时期，即使发生了自然灾害也无史料可查。
即使发生了各种自然灾害，人类也是朦昧无知无所认识，仅有对“洪水”和“猛兽”的直观认识而已。到了春秋战国时期，管仲所着《管子》一书，其中《度地》篇中已提到：水、旱、风雾雹霜、疠(疫病)、虫等害。
在我国两汉、新莽、魏晋、南北朝时期，旱、水、虫、饥、雹、风、疫、地震八灾搔扰！据史料记载：在『西汉』至『南北朝』这个 785 年当中，共发生：
水灾 162 次、平均每 4.8 年 1 次，旱灾 179 次、平均每 4.3 年 1 次，风灾 50 次、平均每 15.7 年 1 次，蝗灾 87(其中螟灾7次)、平均每 9 年发生 1 次，饥馑 56 次、平均每 14 年发生 1 次，雹灾 52 次、平均每15 年 1 次，霜灾 24 次、雪灾 15 次，冰灾 1 次、地震 241 次、平均每 3.2 年 1 次，人疫 46 次、牛疫 5 次。
隋、唐、五代十国(附辽)“八灾”加重和种类增多！共发生旱灾 170 次、水灾 163 次、虫灾 55 次、雹灾 39 次、霜冻 18 次、风灾 31 次、疫灾 19 次、牛疫 7 次、地震 61 次、旱灾引起的饥荒 17 次、不明原因的饥荒 56 次、水灾引起的饥荒 2 次、雪灾 11 次、鼠灾 5 次、山摧 4 次、兔灾 1 次、其他灾害 2 次。
