一九九八年，北韩试射“大浦洞”飞弹飞越日本上空，震撼日本。一九九九年，日本和美国达成协议，开始共同技术研发新一代的海基型“标准三型”防空飞弹，这种新型飞弹是单一弹头的防空飞弹。
报导指出，基于俄罗斯和中国正在开发多弹头洲际飞弹和潜舰发射飞弹，美国早在二零零六年就向日本探询共同开发多弹头型防空飞弹的可行性。但是日本担心原先的开发进度可能受到影响以及负担可能增加，而以北韩未拥有多弹头飞弹等理由加以拒绝。
日本基于判断目前美日开发中的“标准三型”防空飞弹在预定二零一四年完成的进度不会受到影响，加上若由美国单独开发多弹头型飞弹，日本在资金方面不会有新的负担，已同意美国引进多弹头型飞弹。美国可望利用和日本共同研发的技术，全面开发多弹头海基型防空飞弹。
在和美国共同开发新一代“标准三型”防空飞弹上，日本目前负责四项技术：一，弹头尖端鼻锥的保护技术；二，以红外线追踪来袭弹道飞弹的技术；三，破坏目标的动能弹头；四，第二段的火箭引擎。
日本将部署的飞弹防御系统是由海基型“标准三型”和陆基型“爱国者三型”配套的双层防护网，利用地面雷达和神盾舰雷达侦测来袭飞弹，先由神盾舰发射“标准三型”飞弹，将敌方飞弹在大气层外加以击落，若未成功，再利用“爱国者三型”飞弹，在数十公里高空拦击来袭的飞弹。
日本已开始在东京附近部署“爱国者三型”飞弹，并在神盾舰装备由美国制造的“标准三型”飞弹。美日共同开发的新一代海基型飞弹的防卫范围约一千公里，是目前“标准三型”的两倍，一旦开发完成并进行部署，将大幅提高日本的反飞弹能力。
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