首先，由于台湾的总统选举、入返联公投之举办都是「主权国家」的表徵，故对北京而言，似亦不会放弃此次打压台湾国际空间的机会。也就是说，总统选后迄马总统宣誓就职期间（甚或未来的任何时刻），台湾的外交处境可能会更为险峻，例如若干邦交国可能还是会传出断交的危机。
尤其是，此次入返联公投都没有过关的对外象徵意义是，台湾并没有意愿参与联合国的运作，进而已相当贴近于北京的外交利益，惟对台湾的国际能见度而言，却是极为不利的地方。不过，我们也希望北京与国际社会都能够了解，实际上台湾的入返联公投没有通过，并非真的表示台湾不想参与联合国的运作；相反的，台湾作为「主权国家」，已再度选出新任的民选总统！
其次，由于中华民国宪法或宪法增修条文所赋予的总统权责就是以国家安全大政方针为主，因此即将上任的马总统还必须思考的课题是，台湾的全球政经战略夥伴是否仍沿袭过去以来的美、日等国为主，如果是的话，则他显然就无法逾越美、日等国所划定的红线（例如：可能会概括承受二○○○年以来的「四不一没有」或是不断重申所谓的「三不政策」以满足美、日等国的利益），亦即台湾从来没有、更不愿意，也保证不会成为东亚地区或是台海两岸的麻烦制造者。
但反过来说，如果台湾的全球政经战略夥伴有意另转向更大幅度的「西进政策」抑或是兼采「南方策略」的话，则两岸政策的松绑程度或是东南亚国协的积极参与将会是台湾国家安全大政方针的重点，同时也会是两岸政府都必须面对的共同课题。
不仅如此，即将上任的马总统是否也该思考如何成为「勇猛的狮子，与狡猾的狐狸」了？因为台湾总统必须具备全球治理体系的风险管理能力，更必须面对两岸治理的诡谲气氛、瞬息万变。最重要的是，如果他不够勇猛，台湾就无法拿到全球治理、两岸治理的制高权；又如果他不够狡猾，台湾也就无法展现灵活的耐力，积极突破北京所打压的外交困境。
最重要的是，马英九当选新任总统后，未来两岸关系发展确实涌现许多契机，也面临许多变数与挑战，短期内或许两岸仍无法解决两岸主权争议，也不太容易就于近期内推动两岸和平协定；惟北京仍应先撤除对台飞弹的部署，才符合台湾人民的期待与两岸的共生共荣之理念。
最后，未来的马英九总统也可能在上任之后，就宣布大陆观光客来台、周末包机等已完成技术性磋商的议题。不过，其他牵涉两岸「政治议题」的协商谈判，比如签署和平协议等，都将与两岸政治主体的互动相关，则关乎于北京到底愿意给台湾多少的国际自主空间，这则是北京必须重新思考的问题。
