在共产党传统的意识形态中，神学与私有财产被认为是否定人类「独立存在」的本质，因此藉着反神学与私有财产来界定人的本质存在。然而，随着廿世纪末苏联东欧共产政权瓦解，以及中国的改革开放，共产意识形态的「解咒」也解放社会主义国家百姓的束缚，因此资本家可以成为共产党员、人民可以信仰宗教。问题是，当「良知自由」遇上「坚持共产党领导」时，中共如何与这些信众和谐共处？我们从2005年国务院《宗教事务条例》的实施至今，可以了解目前中国宗教政策仍是延续「归口」的社会控制模式，就如同对社会团体的管理一般，「工、青、团、妇」以及其他团体都在「双重管理」体制下，用以界定「合法」与「非法」，这种依政府管理需求的安排，自然不易脱离体制而成为真正的公民社会形态。
据不完全统计，中国大陆天主教和基督教徒目前已超过三千万人。而透过「归口」管理，天主教有「一会一团」（中国天主教爱国会与中国天主教主教团），基督教则有「中国基督教三自爱国运动委员会」和「中国基督教协会」的组织，强调其自主性，也不接受教廷的领导。而依据《宗教事务条例》第12条规定，「宗教活动应当在经登记的宗教活动场所内举行。」因此就如同社团管理模式，登记与否成为「合法」与「非法」宗教活动的界限。对中共而言，一方面能够满足人民宗教信仰之需求；另一方面，则对于无法控管的「良知」信众们，则以「地下活动」贬抑甚至取缔。因此警方冲入聚会中的民房、逮捕教会领袖、拆除非法教堂的事件时有所闻，也被国际人权组织普遍认为这是中国打击基督教独立性的手段。
中国宗教事务局长曾经发表文章，提醒防止宗教被外国势力控制。强调要坚决抵御境外敌对势力利用宗教对华进行渗透。并提出抵御方法，包括紧密团结爱国宗教界人士和广大信教群众；加强依法管理来抵御渗透，使有害的被拦住，无害的通行。这也体现中共对于宗教活动的认知，仍未脱离「阴谋论」与「反和平演变」的心态，也因此宗教团体绝非独立于共产党统治的「化外之民」，而是在党国体制下被容许活动的「合法信众」。也因此在「合法」与「非法」清楚界限的管理下，「良知自由」只能属于「合法」的这一方，「不合法」的一方自然没有「自由」可言。透过宗教事务观察胡锦涛「和谐社会」的政策，还是一种「防乱」的心态，一种「统治」而非「治理」的过程。
