中国财政部针对中央预算执行审计查出的问题积极 进行整改。
关于截至2006年底财政部对以前年度安排未用和结 余的专案资金174.22亿元长期挂账未清理缴回预算的问 题，财政部已作了清理和安排，8亿元用于农机购置补贴 ，166.22亿元用于解决政策性粮食财务挂账。
而对于应缴未缴预算收入45.36亿元的问题。国债转 贷资金回收专户存款利息16.11亿元已缴入国库；对14家 中央外贸企业1999年以前欠缴中央财政的利润等29.19亿 元问题的处理，财政部将会同国资委、商务部进一步研 究后上报国务院；对国家农业综合开发办截至2005年底 取得的投资参股产业化经营专案股权收益分红599.11万 元，财政部已收缴入库。
财政部从今年起还将中央集中的彩票公益金的收支 纳入政府性基金预算，专项用于国家规定的社会公益事 业。并争取3年内将2006年中央财政统借统还外债项目支 出和国际金融组织贷款还贷准备金年末余额纳入预算。
财政部将建立与完善小额担保贷款担保基金的风险 补偿机制和小额担保贷款风险共担机制，以解决下岗职 工微利专案贷款贴息资金预算执行率低的问题。此外， 财政部将规范企业员工收入税前扣除的具体范围和标准 。
此次审计还查出56个中央部门本级存在的问题金额 348.53亿元中，已纠正和落实整改措施金额151.34亿元 。
在企业职工基本养老保险基金、城镇职工基本医疗 保险基金和失业保险基金审计查出的违规问题金额87.9 4亿元中，已纠正和落实整改措施的金额为86.66亿元， 占98.5%；关于天然林资源保护工程资金审计查出的问题 ，各地已纠正虚报冒领、挪用滞留等违法违规问题金额 1.21亿元；关于三峡水利枢纽工程和三峡库区移民资金 审计查出的问题，针对一些部门单位违规使用、虚报多 得移民补偿和政策性补助资金2.89亿元的问题，已采取 收回资金、调整专案计划和账目等方式纠正的问题金额 为2.59亿元，有4人受到党纪政纪处分；关于收费公路审 计调查发现的问题，有34人被追究刑事责任，5人受到党 纪政纪处分。
此次审计中，有关银行对审计发现的问题认真整改 ，并对163名责任人进行了行政处理。此外，审计署还对 8户中央企业领导人员进行了经济责任审计，并批捕、起 诉和判刑14人。
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