前台北市长马英九特别费案侦结，检察官侯宽仁（中）、陈瑞仁（左）与周士榆13日晚间共同出面说明起诉经过。
国民党主席马英九首长特别费依贪污罪遭起诉，随即宣布参加台湾08年总统大选后，马的民调这两天逆势上扬。评论家认为此起诉案是国民党的危机，也是国民党的转机，后续如何发展，有待国民党智慧地处理。另一方面，此案是继去年11月台湾总统陈水扁因国务机要费遭起诉后，台湾高检署再次因起诉高层知名人士，使台湾实践民主价值的同时，体现了司法独立于行政、立法的精神。
“双仁”办案 不畏权贵
负责侦办马英九特别费的检察官侯宽仁和侦办陈水扁国务机要费的陈瑞仁，人称“双仁”，不畏权贵，办案的专业与坚持皆有口碑。陈瑞仁先前曾侦办金管会检查局长李进诚涉入股市秃鹰案，赢得“查黑金铁腕”美誉；而侯宽仁则侦办过牵连警界甚广的周人参电玩弊案，办案素来“六亲不认”。虽然马案的侦结结果，直接冲击台湾政坛，侯宽仁不为所动，最后仍将昔日老长官马英九依法起诉。
马：尊重司法 并将依法力争
马英九在13日起诉当天傍晚随即召开记者会宣称，他相信司法是社会正义的最后防线；他表示无法接受“诈领特别费据为己有”的指控，他将会为自己的清白奋斗，依法力争，直到“还我清白”。
马英九遭起诉后随即召开记者会宣布竞选2008年总统大位，引发泛蓝民众广泛的危机感和同情，使马的民调这两天不降反升。资深媒体人兼评论家杨宪宏认为，马的起诉案为国民党带来了危机，其实也带给国民党转机，这有待马英九和国民党如何运用民气、智慧的处理，马英九日后有很多机会可以证明自己。学者专家也多期望马英九能在司法制度内证明自己的清白，而非直接诉求于民粹，换句话说，不是利用选举诉求选民用选票来证明自己的清白，而是在法庭上遵从法律规则为自己辩护。
侯：法律人依证据办案 无政治考量
承办特别费的检察官侯宽仁13日起诉马英九当天被媒体询问时表示，此案与侦办国务机要费标准一致，没有政治考量，起诉一切依证据。他强调，法律人必须让证据说话。
侯宽仁表示，当初接下特别费案时，内心一度相当挣扎不想面对。马英九在1993至1996年担任法务部长期间，侯宽仁时任台北地检署检察官，是侯宽仁的昔日长官。马英九曾在立法院备询时，公开支持侯宽仁打击不法，盛赞他“认真办案”，这让马英九也赢得基层检察官的尊崇。
侯宽仁结婚时，马英九还曾是“神秘嘉宾”，平日对这位老长官的正义形像也十分推崇。
去年8月4日查黑中心将马首长特别费签分“查字第18号”案，交由侯宽仁调查，有人质疑侯宽仁与马有这层关系下，应声请回避侦查，但了解侯宽仁办案风格的人都知道，他办案是“六亲不认”。
陈：独立办案 心中没有颜色
负责侦办陈水扁总统涉嫌用假发票报领国务机要费，陈瑞仁去年11月公布调查结果和起诉书，认定陈水扁及其夫人吴淑珍涉嫌贪污和伪造文书，为共同正犯（共犯），创下台湾法治史首例，让他被封为“司法英雄”。
在政治上倾向民主进步党，陈瑞仁坦承：“我虽是深绿，但离开投票所的布幔，心中就没有颜色”。
这回起诉马英九，陈瑞仁表示，虽然起诉书是由侯宽仁、周士榆具名，但查黑中心办案，一向是“共同决定(心证)、共同负责、集体办案”。陈瑞仁在司法界被敬称为“陈老师”，一般相信是由他提供整起办案方向，同时也为台湾起诉高官开创办案模式。
身兼台湾检察官改革协会发言人的陈瑞仁曾自信的说，台湾检察体系独立办案的土壤已经形成，只要有能力及操守好的检察总长带领，未来两三年内，新成立的“特别侦查组”绝对会有效的肃贪。
台法务部尊重检察权的三不原则
行政院长苏贞昌去年12月曾裁示，国务机要费也好、特别费也好，相沿而成的惯例，如今竟因时代更迭而出现“意外的陷阱”，这显然是历史留给国家与人民的共业，不应由任何人承受。
行政院原本期望，苏揆的裁示与法务部报告，可望让国务机要费与首长特别费全盘解套。但法务部长施茂林则委婉地说，法务部不能指挥检察官办案，仅意见可供办案参考。
法务部也表示，法务部是检察行政的主管机关，至于个案的侦办属于检察权独立行使的范围，法务部一向秉持不参与、不介入和不指导的三不原则。
两案牵动朝野抗衡 吁民众体认司法立场
由于陈水扁的国务机要费与马英九的特别费牵动朝野政党抗衡，查黑中心检察官去年底曾发布共同声明稿指出，若民众认为此两岸的侦办与国民法律情感不符，而有修法或实施大赦的必要，检方绝对尊重“行政”与“立法”的决定。但在此之前，检察官不可能为特定案件去“调整”或“放宽”刑法上关于“诈欺”、“伪造文书” 或“贪污”的法定构成要件，敬请民众体认并尊重检察官的“司法”立场。
成立“特别侦查组”专办高官
台湾新法院组织法已上路，检察总长的产生方式除了由总统提名，还需经过立法院同意后任命，这将使检察总长面临各方的政治干预时，需有足够的抗压性维持中立。
此外，查黑中心即将解散，新制度下，最高检察署会挑选操守佳、办案能力强的检察官，设立“特别侦查组”，专责侦办正副总统、五院院长、部会首长或上将军阶以上的重大贪渎、经济犯罪与危害社会秩序等案件。
“检察官身为司法正义的最后一道防线，如果不能坚守独立风骨与专业，如何赢得社会信任与民众认同，”检察官陈瑞仁自省地说道。
