现任中研院基因体研究中心主任翁启惠，目前请假在美国，六月一日才会返回岗位，中研院现任院长李远哲也不在国内。
翁启惠目前拥有美国国籍，未来接任院长后，势必得宣布放弃；另外，他在美国圣地牙哥的生技公司，在遴选过程中，也有质疑声音，可能也得有所处置。
翁启惠以化学、生物学及合成有机化学见长，一九九四年当选中央研究院院士，并曾当选美国国家科学院院士，在专业领域颇具声誉。
当初中研院遴选委员推荐的院长候选人之一、物理所所长吴茂昆说：“非常好、恭喜他，是我们所期待的人选。”另一候选人陈定信也指这是“很好的结果”，期许新院长“尽快把中研院带上世界第一流！”
中研院副院长赖明诏表示，翁是国际有名的学者，有很好的哲学判断能力，相信他会承袭李远哲院长的脚步，带领中研院继续向前；副院长曾志朗也以“很好、很好”回应，他认为中研院是一个“团队”，未来的方向，应该让新院长来决定。
由于外界质疑这次院长遴选缺乏人文方面的候选人出线，史语所所长王泛森期许新院长，未来对于人文、社会学科能特别加强重视，另对不同学科之间的特殊性也能有深刻的了解。
环境变迁研究中心主任刘绍臣也说，翁的学术成就享誉国际，为人非常低调、谦和，是很容易沟通的人，期盼未来翁院长能对不同领域都能给予平衡支持。
近代史研究所所长陈永发认为“实至名归”，相信未来翁院长与院内沟通不会有问题，但比较担心翁院长未来与立法院、外界的互动；不过，他指出翁启惠过去“对政治不介入”的中立立场，是很大的好处。
不过，中研院研究人员联合会理事长张茂桂表示，该会因无法参与遴选过程，对于新院长“不认识”、“不了解”，因此不知道应该有怎么样的期待。
翁启惠 化学权威嘉惠医界
现年五十八岁的翁启惠，一直都被外界视为李远哲的接班人，也被评做最有机会得到诺贝尔奖的学者；他的学术成就，包括率先研发出用酵素快速合成“复杂多醣体”及“醣蛋白”的新方法，可广泛用来开发各种心血管及发炎疾病的新药；又与美国学者合作建立用细菌大量生产醣蛋白的新技术，使医界能用更低成本研发更符合人体需求的药物。
虽然拥有如此耀眼的成就，不过翁的求学阶段，并不若一般人想像的一步步迈向目标。他喜欢研究化学反应，但是却被父母要求考医科，结果只考上台大农化系；他曾私下表示，因为“失落感很重，并没有好好念”，还差一点要转到化工系。
退伍后，翁启惠一面跟着老师到中研院做研究，一面到台大生化所念硕士。当时他对蛋白质有兴趣，一股脑地投入研究，结果等要讨论中研院职务升等，才发现没有博士学位，因此一九七九年以三十岁的年纪启程到美国麻省理工化学所攻读博士，不过，认真的他以三年就拿到博士学位，且累计发表将近二十篇论文，是一般博士生的七、八倍。
取得博士学位的翁启惠最后选择留在美国发展，并于一九九四年当选中研院院士、二○○二年获颁美国国家科学院院士，在国际学术界拥有相当高的声望。
李远哲也看上他的学术成就，每次赴美都一定和翁联络，在三顾茅庐、大力延揽下，翁启惠于二○○三年返台出任中研院基因体研究中心主任；回台前，他在美领导的研究团队多
达四十人，每年执行和参与其他大型整合计划的经费平均高达两亿台币。
