最近，“中国管理科学院”和“中国校友会”先后公布大学排行榜，但两张榜单评价指标体系不同，同一所大学的排名在两榜中相差甚大。例如在“中国管理科学院”版第卅八名的苏州大学，在“中国校友会”版只名列第六十三位。
自一九八七年到二○○○年间，大陆共有十三个单位发布三十多个大学排行榜；二○○○年后的大陆大学排行榜至少也有二十个。排行榜版本之多、发表速度之快和影响之大，让许多想参考排行榜择校的高中毕业生和家长，眼花撩乱，无所适从。
对于当前大陆的大学排行榜，专门研究大学排名和分类的厦门大学教育学博士陈厚丰认为，有许多缺点。首先，没有对大学分类就进行大学综合排行，他形容说，“这就像不分男女选手，一起只按重量分级参加拳击比赛一样，十分可笑”。
其次，排名指标体系设计不合理。有的排行榜以规模排座次，有的排行榜按博士点、重点学科和重点实验室的数量论英雄，这些根本不是判断大学优劣的标志性指标，有舍本逐末之嫌。此外，排名资料收集不全、不准，也会使排名结果出现严重偏差。
中国人民大学教授顾海兵甚至认为，二○一○年之前，大陆都不具备大学排名的内外条件。他指出，大学的排名必须以成熟的市场经济体制、稳定的制度为前提，必须有公认的公正排名机构。目前大陆市场经济体制还未成熟，大学与政府的关系、大学之间的关系没有定型或趋于正常，大学仍有行政级别，公正、公平的竞争环境没有形成，显然不具备大学排名基础。
此外，大学排行榜的“暗箱作业”，也是外界质疑的焦点。二○○四年时，网上流传一个帖子，指称有意的学校，花五十万元人民币可以进入某些排行榜的前一百名。
不过，北京中国人民大学教授陈幽泓则认为，大陆民间机构的评估尽管有许多缺陷，但却为大学教育的消费者提供信息和参考内容，打破政府教育部门独自掌握和发布信息的局面。
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