过去两、三年间，台湾曾发生政府部门遭到有组织的黑客入侵，当时来源指向大陆湖北与福建。
台湾《联合报》1日以头版头条报导指出，外交部计算机日前遭黑客入侵，窃取高官出访、谈判事宜等机密数据及外交文件，而官员怀疑，这可能是大陆黑客入侵。
报导并指，黑客是以木马程序，藏在电子文件及数据文件中，只要官员开启计算机，档案即被窃取，而这次被窃取的资料具有高度机密性，外交部已展开补救，一一变更档案或作废，并建置更好的防火墙。
与此同时，台湾行政院6月30日召开的信息通讯安全会报也已决议，未来各部会将增设“信息安全长”，由各部会副首长兼任，专责处理、协调信息安全事宜。此外，开发“安全邮件”系统，也列为行政院未来在信息通讯方面的投资重点，以确保国家机密的安全。
《联合报》并引述未具名的行政院官员透露指出，大陆方面透过木马程序一再入侵台湾公务部门，包括国防部网站等，也曾入侵民进党中央，了解民进党高层的出访动向。
不过对于这次外交部网站遭黑客入侵之事，台湾外交部发言人吕庆龙周五否认有机密遭窃。
信息战
吕庆龙表示，大陆方面企图入侵台湾政府部门计算机，是众所周知的事，“他们攻，我们守”，台湾有防御黑客的能力。
行政院长谢长廷周五被媒体问到此事时，也与外交部持同样说法，表示黑客入侵是常有的事情，全世界的黑客都在入侵网站，但台湾外交部的机密并没有被黑客盗走。
两岸“信息战”，近几年来备受重视。而根据以往资料，台湾至少发生三次遭大陆黑客大举入侵事件，第一次是2002年9月10日行政院首次召开国家信息通讯安全会报会议时，政务委员蔡清彦透露，自2001年底至2002年7月长达8个多月间，台湾遭大陆黑客入侵网站高达42个、计算机多达216台，疑似窃取台湾政府机构委托的研究报告。
第二次是2003年8月，包括威盛电子、中华电信、警政署、中选会、国防部等数十个政府和民间单位计算机，陆续遭到有组织的黑客入侵，植入木马程序，来源指向大陆的湖北与福建，台湾方面怀疑是大陆“网军”进行信息战操演。
第三次是2004年9月，台南市、基隆市、云林县，以及台中县政府等官方网站连续被黑客攻击，遭植入大陆五星旗图案。
至于这次事件，外交部表示，机密资料未被窃取，不过外交部高度重视，已采取加强人员训练、随时检测等措施。
