事件曝光后，当地官员的命运一直备受关注，据人民网6月9日报道，按照中国国务院要求，监察部近期派出调查组，在安徽省监察厅和有关部门的配合下，对阜阳劣质婴儿奶粉事件有关监管者的责任问题进行了调查。
此前劣质奶粉在阜阳农村市场泛滥成灾一年有余，经查，2004年4月前，大量营养素含量全面低下的劣质婴儿奶粉通过郑州、合肥、蚌埠和阜阳批发市场流入阜阳农村销售点。劣质奶粉导致婴幼儿生长停滞，免疫力下降，进而并发多种疾病甚至死亡。阜阳市发生了189例婴儿患轻中度营养不良、12例婴儿死亡的恶性事件，造成恶劣影响。
对于在这次毒奶粉事件中阜阳市政府的责任，官方的有关报道措辞显然婉转：“造成阜阳市婴儿劣质奶粉事件的原因是多方面的”。
自2003年5月阜阳市出现第一例关于劣质奶粉造成婴儿营养不良的投诉后，市工商、卫生等部门对劣质奶粉进行过清查，也向消费者发布过警示，公布了劣质奶粉“黑名单”。2004年1月，市政府也召集有关部门部署过对奶粉市场的专项整治，工作取得过一些成效。
但总体上阜阳市政府和工商、卫生等部门存在着对劣质奶粉充斥市场及婴儿受害问题情况不明、重视不够、清查不彻底、督查不到位、执法不严等问题，一直未能有效遏制劣质奶粉充斥市场的状况。
事实上，毒奶粉事件中阜阳官员的表现可谓极之恶劣。回顾事件，在媒体曝光之前，这些劣质奶粉早在阜阳市场泛滥成灾，而当地政府却在知情的情况下置若罔闻，听任悲剧在眼皮底下发生。
早在2003年9月就有受害者家属向当地的工商部门投诉了劣质奶粉的危害却一直没被认真处理，有关部门也只对经销商处以轻微的罚款了事，听任更多婴儿受害。事后经查，其时阜阳市公商所所长白启祥收取了经销商一千元贿款，毒奶粉事件中可能涉及官商勾结的猜测成为事实。如此一来，在中国国务院派出的专案调查组在深入调查后发现，当地的一些劣质奶粉生产窝点居然拥有合法身份，堂而皇之地生产这些置婴儿于死地的毒奶粉，原因已经是昭然若揭了。
毒奶粉事件经媒体曝光后，引起社会各界的关注，舆论纷纷指责当地政府的不作为，阜阳市政府有关部门□是相互推诿责任，面对社会舆论的指责，各官员依然毫无悔改之意，更不愿意论承担责任，他们通通是在镜头前表现对事件“感到痛心疾首”，同时也公开表示不会因此而引咎辞职。
在这次的毒奶粉事件中，当地政府官员的渎职行为已经直接导致了阜阳市两百多名婴儿的受害，至少十二名无辜婴儿成为牺牲品。中国政府的新一届领导班子一直强调“以人为本”作为政府工作的指导方针，如今12个小生命的无辜丧生岂能草草了结？！
据称，安徽省省委、省政府是依据《中国共产党纪律处分条例》、《国家公务员暂行条例》的有关规定和监察部的建议按规定程式，给予有关责任官员处分。
新华社公布，给予阜阳市人民政府市长刘庆强行政记大过处分；给予分管工商工作的副市长马明业党内严重警告、行政记大过处分，并责令辞职；给予分管卫生工作的副市长杜长平行政记过处分；给予市工商局局长周毅生党内严重警告、行政记大过处分，并责令辞职；给予市工商局分管市场监管的副局长杨伟撤销党内职务、行政撤职处分；给予市工商局公平交易局局长杨树新开除党籍、行政开除处分，并移送检察机关对其徇私枉法问题作进一步调查；给予市卫生局局长曹化之党内严重警告、行政记大过处分；给予市卫生局分管食品卫生的副局长丁丽玲党内严重警告、行政记大过处分，并责令辞职。
