三峡工程上马的当初，曾引来举世的反对之声。这样一个耗资巨大的工程项目，被专家认为是严重的违背了自然规律。无论是从防洪效益，发电效益，航运效益，生态效益等各个方面衡量，三峡工程都存在着严重的弊端。Interfax.com网络新闻社近日报导说，在近些年三峡工程的建设过程中，一个个隐忧正逐渐成为现实。尤其是三峡坝区的建设给长江水资源带来的污染，日已成为难解的忧患。
由于重庆以下沿江城镇目前还没有一座大型城市污水处理厂，重庆地区每年有四亿吨的城市污水，仅有的三个废水处理厂根本不能满足处理污水的需要。上千万人口的工农业和生活污水，90％以上直接排入长江及其支流；加之沿江城镇淹没线以下工业和生活垃圾堆存近2000万吨，以及淹没线以下城镇中大量的坟墓、厕所和医院污物堆存，还有原来的各类矿场及矿碴等等，这些已经成为长江水下的污染源，其中大量有害物质将被浸出并扩散到水体中。
水污染会带来了一系列危及生态安全的问题：如威胁人体健康，威胁饮用水源水质，导致长江天然鱼产量减产，影响水的景观、娱乐功能等等。在中国第九届全国人大常委会上，副委员长邹家华在审议防治长江水污染的报告中指出，目前长江流域工业、城镇生活用水量约六百亿吨，主要取自岸边，但城市岸边已难以找到符合饮用水卫生标准的水源地，上海、重庆等城市已出现水质型缺水危机，不少城市被迫采用江心取水办法以改善饮用水质量。据统计，目前长江干流沿岸共有取水口近五百个，都已不同程度地受到岸边污染带的影响，若都改从江心取水，需比原投资增加数十亿元人民币。
重庆大学的黄教授和一位全国人大代表也寄希望国家能够制定相关的法律来防治长江的水污染。其中人大代表指出：“每天增加的垃圾已经变成长江健康的主要威胁之一，而且由于三峡大坝的使用，不只使水源受到污染，也对沿岸的水电设备构成威胁。”据他介绍重庆市政府计划在当地再建设16个废水处理厂，预计投资在38亿人民币。
三峡工程是中国最大的工程，静态投资九百多亿人民币，动态投资最初预计要超过两千五百亿人民币。有专家指出，三峡工程全部完工所需费用将远远不止这个数字。三峡工程在国际上被认为是最危险的工程，当初中国政府曾希望中外有人投资，但一个也没有找到，至今仍是一个投资者 -- 中国政府。而每年近百亿元的投资无疑最终都将转嫁到每个老百姓身上。
