审计署的公告说，审计查明，截止7月31日，中央及地方各级有关部门共拨付防治非典专项资金140.93亿元人民币，在防治非典过程中，各地区、各部门按照国务院有关规定，采取有效措施，切实加强对防治非典专项资金和社会捐赠款物的管理。
公告还说，计划、民政、财政、监察等部门加强了监督检查，促进了规范管理和使用。但审计发现少数单位仍存在一些问题，主要是管理不够规范：部分专项资金分配较为分散、结算不够及时，有的地方和单位多头接受捐赠款物或接受捐赠物资的手续不完备，部分捐赠款物入账或上缴财政专户不及时。
审计署公布的审计结果与之前中国内地媒体的报道存在极大的矛盾。据《21世纪经济报道》引述财政部北京专员办某官员的话说， “北京市有的区县财政擅自挪用专项资金，有的区县财政出现专项资金至今还滞留在某个讲不清道不明的环节，有的则存在报花账、倒逼财政预算等违规行为。”
报道还说，6月10日起，财政部北京专员办曾对此前非典疫情严重的东城区、西城区、海淀区、朝阳区、崇文区等区县财政进行突击检查，调查中央防非典专项资金的使用情况。最后检查结果出来后，财政部北京专员办的官员们都表示“深感不安”。
有官员透露：某中央财政支出单位以购置防治非典专用设备为由，“高价”购置车辆、电脑，其中普通台式奔Ⅳ办公电脑居然以每台20000元列支；某单位账面上专项列支资金购买的“封闭式厢车”被崭新的桑塔纳代替；某单位面对突查竟拿出大堆与防非典毫不相干的票据与专员“扯皮”；有的单位支不抵账，转而要求上级财政对其本年度预算进行调整。
类似的情况不仅发生在北京，内蒙古、河北、湖南等省都出现抗非资金被滥用的情况。据《21世纪经济报道》报道，河北省一位元官员说，“非典期间，单位发了价值上千元的防护用品。”，而抗非资金严重不足的内蒙古也毫不落后，据一位被抽调在巴彦高勒火车站值班的机关工作人员说，该县防治非典期间抽调了1200人，在医院值班每人每天补助100元，一般值班人员每人每天40元，一线医生每人每天300 元，护士每人每天100元。他们还统一配发了迷彩服和防护药物。
亚洲时报在线也曾撰文质疑中国政府抗非资金被滥用的情况，据一位不愿具名的人士透露，其所在的某省会城市的一个市级机关，累计无偿发放的“抗非”物品有：毛巾10条，汰渍洗衣粉（2公斤装）5包，上海产硫磺灭菌香皂10块，舒肤佳香皂10块，白猫洗洁精（大瓶）2瓶，口罩10个，金施尔康多元维生素5瓶，某品牌高钙奶粉（454克装）5包，板蓝根冲剂10大包，某品牌消毒液（5公斤装）两瓶……还有其他一些小东西，瓶瓶罐罐的。
媒体披露的抗非资金被滥用的严重情况被国家审计署完全忽视，审计署的审计报告掩盖了抗非资金被严重滥用的问题，只是揭露了一些存在的小问题，避重就轻，这样的报告显然是不能令公众信服的？
