世卫组织报告除了礼貌性的赞赏中国防御工作有进步外，不少篇幅是批评中国政府目前工作的不足。
据中国媒体周四报道重点提及，世界卫生组织总部传染病执行主任海曼在北京与中国卫生部联合记者会上说，中国对SARS病人的诊断标准与世界卫生组织的标准是一致的。然而根据CCTV英文版消息，海曼其实表示，目前并没有一套标准化的病例诊断定义，中国的定义与世界卫生组织的定义只是相容（compatible），而不是说"完全一致"。这一点，世卫的报告中甚至提也不提。
报告中首次披露世卫广州4月考察的更真实情况，报告说，世卫在4月底视察广东时，相当关注中国大陆未能及时公布SARS染病个案，并批评了中国政府开始未能把SARS当成危害公众健康的大事来对待，以致未能及时采取控制其蔓延的举措。据广东媒体当时的报道，世界卫生组织认为广东政府的防御工作非常到位，对广东政府的工作大加赞赏，世界卫生组织报告现在才透露情况完全相反。
报告透露，世卫工作小组最为关注，中国大陆缺乏一套第一时间持续跟踪复发个案的防疫体系，而且在资讯跟进方面也尚未达到世卫的要求，以及大陆在患者如何定义的各自为政的作法可能导致瞒报漏报。由于中国体制、行政上的问题，影响到疾病资料及时共用和分析，尤其是会阻塞省与中央之间的资讯流通。
世卫的报告还表示，世卫组织目前担心，大量SARS个案无法追溯疫症爆发源头，因此很难追溯其传播形式。譬如，北京未接触过SARS患者感病的个案已从五成上升超过七成。据外电称，中国的许多地方在诊断SARS患者病例时，如不能确认SARS患者的传染途径，就只能作为疑似病例诊断。如果按照世界卫生组织公布的标准进行诊断，这些疑似病例大部分都是属于确诊病例。
在世卫视察期间，中国官员向世界卫生组织官员透露，目前他们相当担心的是，流感来临之际难以应对SARS。流感的出现使到SARS的追踪和确诊难度加大，因而大大增加了疑似病例的数位。中国的媒体对于中国官员的这一担心没有只字的报道，据亚洲时报在线记者在广州医院了解到的情况，广州的医院对于前来就诊的感冒发烧病人是非常的疏忽大意的。
报告中提到，世卫海曼教授和世卫工作组其他成员，都对中国现在有所行动表示满意，至少中国对发现SARS会做出及时反应。最近，中国卫生部和世卫共同视察了几个大陆的某些省份时看到，当地民众对SARS有高度认知，包括对SARS的症状以及传播模式以及每日两次测体温等。
世界卫生组织的报告认为，SARS爆发暴露了中国在疾病防疫体系方面的漏洞。中国在卫生基础设施方面投资常常被忽视，这就为很多不明流行病传播提供了条件，一旦爆发就极大损害国家经济。世卫认为，中国大陆防疫体系在对应新疫症方面需要更加灵活，并加强对应疫症的快速反应能力。
